Question

我想从工具中运行命令来合并我的文件

http://snpeff.sourceforge.net/SnpSift.html#Split

java -jar ~/snpEff_latest_core/snpEff/SnpSift.jar split -j file1.vcf file2.vcf file3.vcf ...  > huge.out.vcf

我有400多个文件，因此逐个输入可能是错误的。

我试过这样的事情

 find -name "*.vcf" | java -jar ~/snpEff_latest_core/snpEff/SnpSift.jar split -j > comb.vcf

这是我得到的错误

Error: Cannot 'join' less than two files.
SnpSift split -j
SnpSift version 4.1k (build 2015-09-07), by Pablo Cingolani

Usage: java -jar SnpSift.jar splitChr [-j] [-l <num>] file.vcf [file_2.vcf ... file_N.vcf]
Options:
    -j         : Join all files in command line (output = STDOUT).
    -l <num>   : Split by 'num' lines.
    Default    : Split by chromosome (one file per chromosome).

我用过这个＆＃34;找-name＆＃34;在其他工具上它似乎有效。

所以我的问题是，如何选择目录中的所有文件并运行命令。

Answer 1

你可以尝试：

java -jar ~/snpEff_latest_core/snpEff/SnpSift.jar split -j file*.vcf

Bash会将文件* .vcf展开到当前目录匹配文件* .vcf中的所有文件。

请注意linux的命令长度最大（大小为3MB）。

如果你想使用find（给你更精细的粒子选择），你可以使用这样的东西：

find . -exec java -jar ~/snpEff_latest_core/snpEff/SnpSift.jar split -j {} \+

此处“{}”由find找到的文件替换，\ +表示：

-exec操作在所选文件上运行指定的命令，但命令行是通过在末尾附加每个选定的文件名来构建的

如何选择目录中的所有文件并运行命令

1 个答案: