如何使用thrust :: host_vector或device_vector存储文件的数据？

Question

数据格式如下：

TGCCACAGGTTCCACACAACGGGACTTGGTTGAAATATTGAGATCCTTGGGGGTCTGTTAATCGGAGACAGTATCTCAACCGCAATAAACCC
GTTCACGGGCCTCACGCAACGGGGCCTGGCCTAGATATTGAGGCACCCAACAGCTCTTGGCCTGAGAGTGTTGTCTCGATCACGACGCCAGT
TGCCACAGGTTCCACACAACGGGACTTGGTTGAAATATTGAGATCCTTGGGGGTCTGTTAATCGAAGACAGTATCTCAACCGCAATAAACCT
TGCCACAGGTTCCACACAACGGGACTTGGTTGAAATATTGAGATCCTTGGGGGTCTGTTAATCGAAGACAGTATCTCAACCGCAATAAACCT

每行包含一个序列，我想要一对（键，值），键是一个序列，值是1.然后使用reduce_by_key计算每个序列的数量。

但我发现thrust::host_vector只能存储一个序列，如果我push_back程序崩溃的第二个序列。 这是我的代码：

int main()
{
    ifstream input_subset("subset.txt");
    thrust::host_vector < string > h_output_subset;

    string s;
    while (getline(input_subset, s)) {
        h_output_subset.push_back(s);
    }
    cout << h_output_subset.size() << endl;
    return 0;
}

是否可以将所有数据存储在host_vector或device_vector中？或者有什么方法可以解决这个问题吗？

Answer 1

host_vector段错误confirmed为thrust::uninitialised_copy中的错误，并已应用修补程序进行修复。

使用device_vector执行此操作的问题是CUDA的真正限制（没有std :: string支持），无法避免。另一种方法是使用固定长度char[]数组作为device_vector中的数据成员，或者使用单个大device_vector来保存所有字符串数据，并使用第二个{{1}保存字符数组中每个子字符串的起始索引。