小提琴图用于预测ggplot2中的二进制变量

Question

我试图按照指南生成：。

我的数据位于名为SIGSW.test的数据框中，我的响应变量（SI）是二进制的。我有一个glm，我用它来生成在数据框中保存为pr.bms的预测。我想以图形方式表示各种阈值下的真/假阳性/阴性。 pr.bms.type表示TF，TN，FP或FN。

但是，当我尝试以下代码时：

ggplot(data=SIGSW.test, aes(x=SI, y=pr.bms)) + 
   geom_violin(fill=rgb(1,1,1,alpha=0.6), color=NA) + 
   geom_jitter(aes(color=SIGSW.test$pr.bms.type), size=5, alpha=0.6) +
   geom_hline(yintercept=threshold, color="red", alpha=0.6) +
   scale_color_discrete(name = "type") +
   labs(title=sprintf("Threshold at %.2f", threshold))

R生成。

它给了我两列数据点，表示X轴上观察到的结果，Y轴上的预测概率（我想要的），但似乎两个小提琴图合并为一个。因为我不能用他自己的代码复制作者的情节＆amp;数据，我怀疑代码中存在缺陷。我对ggplot不是很了解，所以我无法确切地知道出了什么问题 - 在我看来应该创建两个小提琴图，每个结果一个，因为小提琴层应该使用美学属性在ggplot函数中定义。任何人都可以解释出现了什么问题以及如何解决它？我在这里看到了许多线程，解释了如何叠加两个小提琴图，但我无法弄清楚如何制作由离散变量定义的两个小提琴数据图。如果可以的话，我会使用by（）函数，但我不能使用ggplot2。

供参考，以下是我的部分数据样本：

      SI      pr.bms      pr.aic      pr.bic pr.bms.type
19869  0 0.029985210 0.009071122 0.014855376          TN
36670  0 0.013641325 0.018143617 0.019764735          TN
9586   0 0.004428973 0.004363135 0.004356827          TN
41570  1 0.709464654 0.693148738 0.742891240          TP
32356  0 0.347295868 0.274694216 0.284724446          TN
14922  0 0.019798409 0.014157925 0.011422388          TN
52048  0 0.317284825 0.363881394 0.305525690          TN
43269  0 0.972736555 0.985057882 0.909592318          FP
45043  0 0.962467774 0.932087650 0.928091617          FP
4608   0 0.006653427 0.013383884 0.014138802          TN

由于

Answer 1

没关系，我回答了自己的问题。在我的数据和我试图复制作者数据时，响应变量被视为连续的。我通过将响应变量更改为一个因子来解决问题。

SIGSW.test$SI<-as.factor(SIGSW.test$SI)

我发布了答案，而不是删除这个以防万一其他人像我一样愚蠢。