在autoplot.survfit

Question

我正在尝试更改我的Kaplan Meier生存函数的y轴。我正在使用autoplot为幸存物体创建一个ggplot。它位于survMisc库中。

输出当前的y轴从0到1，但我想将其更改为0.5到1.在autoplot中似乎没有允许我更改轴的参数。

如果可以，我还想更改刻度线的间隔。它目前每2.5年（短轴）有它，但我想每年都这样。

我已经从加州大学洛杉矶分校网站上附上了一个样本生存代码，但我的自动编码代码与我的脚本相同。感谢。

hmohiv<-read.table("http://www.ats.ucla.edu/stat/r/examples/asa/hmohiv.csv", sep=",", header = TRUE) 
library(survival)
library(ggplot2)
library(Hmisc)
library(ggfortify)
attach(hmohiv)

hmohiv.surv <- survfit( Surv(time, censor)~ 1)
summary(hmohiv.surv)
autoplot(hmohiv.surv, type = "CI", palette="Set2", pVal=TRUE, 
                          title="Recurrence Free Survival", 

                          legTitle = "Adjuvant Treatment", 
                          xLab="Years to Recurrence", yLab="Probability",  
                          censSize = 2,
                          alpha = 0.9,
                          tabTitle = "Number at Risk",
                          tabTitleSize = 14,
                          tabLabSize = 2,
                          nRiskSize = 4,
                          timeTicks = "minor"
) + scale_y_continuous(limits=c(0.5,1))

没有

，它运行良好

+ scale_y_continuous(limits=c(0.5,1))

但是当我用比例尺运行它时，它会给我以下错误：

  

autoplot中的错误（hmohiv.surv，type =“CI”，palette =“Set2”，pVal = TRUE ,:     二元运算符的非数字参数

Answer 1

您可以这样做（最好还指定xlim）：

autoplot(hmohiv.surv, ylim = c(0.5, 1.0))

autoplot(hmohiv.surv) + ylim(c(0.5, 1.0))

另一个选项是使用fortify将survfit转换为data.frame，然后过滤并绘制。

hmohiv.df <- fortify(hmohiv.surv) 
head(hmohiv.df)
#   time n.risk n.event n.censor      surv    std.err     upper     lower
# 1    1    100      15        2 0.8500000 0.04200840 0.9229465 0.7828189
# 2    2     83       5        5 0.7987952 0.05036890 0.8816770 0.7237046
# 3    3     73      10        2 0.6893712 0.06863972 0.7886410 0.6025969
# 4    4     61       4        1 0.6441665 0.07656258 0.7484595 0.5544060
# 5    5     56       7        0 0.5636457 0.09172158 0.6746519 0.4709043
# 6    6     49       2        1 0.5406398 0.09633941 0.6529986 0.4476141

ggfortify:::autoplot.survfit(hmohiv.df[hmohiv.df$surv > 0.5, ])