Question

我想首先说我是R的新手用户，特别是本网站的用户，所以如果有必要在此解释一下，请告诉我！我还没有完全了解所有内容，所以请随意“愚蠢”＃34;尽可能。

问题：我想创建描绘两组（在本例中为物种）的PCA图。我还想在它们周围绘制椭圆或框架。

谢天谢地，我已经使用ggplot2完成了这项任务！但是，我无法更改超出默认值的点或椭圆/帧的颜色。

请你就此事提供一些帮助吗？

请参阅下面的示例代码，它只是PCA示例中常用的传统虹膜数据集。

###load in plackages###
library(ggbiplot)
library(ggfortify)
library(cluster)

#my actual data is very similar to the iris data, though in my data the     "Species" column is first
head(iris)
Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species
1          5.1         3.5          1.4         0.2  setosa
2          4.9         3.0          1.4         0.2  setosa
3          4.7         3.2          1.3         0.2  setosa
4          4.6         3.1          1.5         0.2  setosa
5          5.0         3.6          1.4         0.2  setosa
6          5.4         3.9          1.7         0.4  setosa
df <- iris[c(1, 2, 3, 4)]
autoplot(prcomp(df))
autoplot(prcomp(df), data = iris, colour = 'Species') #pca graph with   species depicted in different colors

PCA GRAPH OF SPECIES DEPICTED IN DIFFERENT COLORS

autoplot(prcomp(df), data = iris, colour = 'Species', shape='Species', frame=T)

PCA GRAPH WITH FRAMES AROUND POINTS

Answer 1

我做了同样的PCA

data<-iris
df<-iris[c(1, 2, 3, 4)]
PC<-prcomp(df)
PCi<-data.frame(PC$x,Species=data$Species)

现在您执行常规绘图并像往常一样更改ggplot参数

ggplot(PCi,aes(x=PC1,y=PC2,col=Species))+
   geom_point(size=3,alpha=0.5)+ #Size and alpha just for fun
   scale_color_manual(values = c("#FF1BB3","#A7FF5B","#99554D"))+ #your colors here
   theme_classic()

另外，请检查scale_fill_manual的框架

修改

我认为添加框架应该更容易，请点击此处https://stats.stackexchange.com/questions/22805/how-to-draw-neat-polygons-around-scatterplot-regions-in-ggplot2
和这里 ggplot2: geom_polygon with no fill

另外，我仍然认为ggbiplot应该处理scale_color_manual和scale_fill_manual，你能否更新失败的问题？

Answer 2

真棒酱！

答案在这些例子中并没有完全隐藏，但我发现scale_color_manual和scale_fill_manual完全符合我的要求：将帧更改为任何可以想象的颜色！

#using autoplot from earlier, I placed it into an object
a<-autoplot(prcomp(df), data = iris, colour = 'Species', shape='Species', frame=T)
#then I added on scale_color_manual and scale_fill_manual with the wacky color combos that would never be publishable 
a + scale_fill_manual(values = c("#FF1BB3","#A7FF5B","#99554D")) + scale_color_manual(values = c("black","white","orange"))

PCA GRAPH WITH DIFFERENT COLORS

非常感谢你的帮助！非常感谢在这里拥有这个小团队（或者说特别大的团队）！

ggplot2中的PCA图：改变点颜色并改变点周围的框架/椭圆的颜色

2 个答案: