如何在r中用一种颜色在dendorgram上着色相同的标签

Question

我已在r中聚集了一些数据，并将结果绘制为树状图。我现在想要找到的是如何更改标签的颜色，以便相同的标签具有相同的颜色。

我使用以下代码获得了树状图：

> d<-stringdist::stringdistmatrix(AR_GenesforR$AR_Genes)
> cl <-hclust(as.dist(d))
> plot(cl, label=AR_GenesforR$AR_Genes)
> groups <- cutree(cl, k=2)
> rect.hclust(cl, k=2, border="red")

得到的树形图如下所示：

我现在要做的是为所有相同颜色的标签着色，例如。全部2010为黄色，所有2011为蓝色，依此类推。我已经研究了很多，但大多数只是找到了根据它们所在的簇标记颜色的方法。有人知道我怎么做我想要的吗？

Answer 1

这是一个根据dendextend R包（这里是一个简短的2 page paper on the package）执行您所要求的功能。

x <- c(2011,2011,2012,2012,2015,2015,2015)
names(x) <- x
dend <- as.dendrogram(hclust(dist(x)))

color_unique_labels <- function(dend, ...) {
    if(!require(dendextend)) install.packages("dendextend")
    if(!require(colorspace)) install.packages("colorspace")
    library("dendextend")

    n_unique_labels <- length(unique(labels(dend)))
    colors <- colorspace::rainbow_hcl(n_unique_labels)
    labels_number <- as.numeric(factor(labels(dend)))
    labels_colors(dend) <- colors[labels_number]
    dend
}


par(mfrow = c(1,2))
plot(dend)
dend2 <- color_unique_labels(dend)
plot(dend2)