Question

我正在使用R以特定的成对方式打开一些已保存的.csv文件，并执行统计测试（mantel.rtest，可在包“ade4”中找到）。 .csv文件按顺序命名为“fileAX”或“fileBY”，其中X和Y是整数。

我想将此测试的结果保存在一个文件中，但遇到了一些问题。

这是代码（请原谅“粘贴”的低效用法：

library(ade4)

x <- 1:15; y <- 1:15

filename1 <- paste(paste(c("fileA"), 1:15, sep = ""), ".csv", sep = "")
filename2 <- paste(paste(c("fileB"), 1:15, sep = ""), ".csv", sep = "")

for (i in seq(along=x)) {
  M1 <- read.table(paste("C:\\scripts\\", filename1[i], sep = ""), header = FALSE, sep = ",")

  for (j in seq(along=y)) {

    M2 <- read.table(paste("C:\\scripts\\", filename2[j], sep = ""), header = FALSE, sep = ",")

    mantelout <- mantel.rtest(dist(matrix(M1, 9, 9)), dist(matrix(M2, 9, 9)), nrepet = 99)

    write.table(mantelout, file = "C:\\results\\mantelout") 

  }
}

尝试执行此操作会导致以下错误消息：

**Error in as.data.frame.default(x[[i]], optional = TRUE, stringsAsFactors = stringsAsFactors) : 
  cannot coerce class '"rtest"' into a data.frame**

我尝试使用“unlist”和“as.vector”等各种功能将“mantelout”转换为更友好的格式，但无济于事。有什么想法吗？

谢谢， WAW

编辑：我应该注意，R环境中此测试的输出如下所示：

Monte-Carlo test
Observation: 0.5324712
Call: mantel.rtest(m1 = dist(matrix(M1, 9, 9)), m2 = dist(matrix(M2, 9, 9)), nrepet = 99)
Based on 99 replicates
Simulated p-value: 0.01"

Answer 1

使用str(rtest)查看rtest对象的结构：毫不奇怪，它不适合data.frame。尝试将其放入列表中。您可以使用save(my.list, file="mylist.RData")将列表另存为文件，稍后使用load("mylist.RData")重新加载。

Answer 2

您可以使用capture.output + writeLines组合：

# example from help("lm")
ctl <- c(4.17,5.58,5.18,6.11,4.50,4.61,5.17,4.53,5.33,5.14)
trt <- c(4.81,4.17,4.41,3.59,5.87,3.83,6.03,4.89,4.32,4.69)
group <- gl(2,10,20, labels=c("Ctl","Trt"))
weight <- c(ctl, trt)
lm.D9 <- lm(weight ~ group)

writeLines(capture.output(lm.D9), file="my analysis.txt")

在你的情况下应该是：

writeLines(capture.output(mantelout), file = "C:\\results\\mantelout")

通过write.table使用R程序（ex）将“.rtest”输出写入文件？

2 个答案: