Question

我试图计算两个物种的平均茎数之间的协方差（或相关性）。干计数值平均值在＆＃34; avg＆＃34;列和物种一起列在＆＃34; Spnum＆＃34;列中，并且它们被分配了2和18的ID。我想按年，季和治疗分开这些计算。

我相信我越来越接近使用ddply，但是我很难搞清楚如何告诉ddply这些值是在一个单独的列中（＆＃34; avg＆＃34;）而不是测量的物种。

row.namesYear Spnum     avg     Season  Treatment
1   1   2005    2       21.8    early   delay
2   7   2005    18      18.5    early   delay
3   31  2005    2       24.5    early   delay
4   37  2005    18      13.2    early   delay
5   60  2005    2       20.7    early   ambi
6   66  2005    18      31.0    early   ambi
7   89  2005    2       36.5    early   ambi
...

Answer 1

以下是使用dplyr和data.table的两个选项。我们按照“年”，“季节”，“治疗”等进行分组。变量，然后得到cor＆＃39; avg＆＃39;这对应于＆＃39; Spnum＆＃39;价值2再次来自Spnum＆＃39;值18（avg[Spnum==18]）。

library(dplyr)
df1 %>%
  group_by(Year, Season, Treatment) %>%
  summarise(Cor= cor(avg[Spnum==2], avg[Spnum==18]))

或者使用data.table，我们会转换＆＃39; data.frame＆＃39;到＆＃39; data.table＆＃39; （setDT(df1)）。按变量分组（如上所述），我们得到cor。

library(data.table)
setDT(df1)[, list(Cor= cor(avg[Spnum==2], avg[Spnum==18])), by =.(Year, Season, Treatment)]

通过R

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