我需要使用使用MySQL的生物信息学工具。该工具称为SyMap。当我尝试运行SyMap时，它告诉我已经运行了一个MySQL服务器，所以我应该关闭它或将SyMap指向另一个服务器。由于我在HPC上工作，允许我有限的权限，我无法关闭MySQL服务器。所以我一直在尝试构建自己的本地MySQL服务器。由于对MySQL缺乏了解，这令人沮丧。
我尝试按照this指南构建MySQL作为非root用户，并在cmake命令中添加了标志MYSQL_TCP_PORT = 3307，以使本地服务器运行在与原始服务器不同的端口上（3306） ）。每当我到达必须执行mysql_install_db的步骤时，它会说：
2015-10-31 20:52:02 [WARNING] mysql_install_db is deprecated. Please
consider switching to mysqld --initialize 2015-10-31 20:52:02 [ERROR]
Child process: /home/rajeha/software/mysql/bin/mysqldterminated
prematurely with errno= 32 2015-10-31 20:52:02 [ERROR] Failed to
execute /home/rajeha/software/mysql/bin/mysqld --bootstrap
--datadir=/home/rajeha/software/mysql/data --lc-messages-dir=/usr/share/mysql --lc-messages=en_US
-- server log begin -- 2015-11-01T01:52:02.964453Z 0 [Warning] --bootstrap is deprecated. Please consider using --initialize instead 2015-11-01T01:52:02.969334Z 0 [ERROR] Invalid old_passwords mode: 1.
Valid values are 2 and 0
2015-11-01T01:52:02.969376Z 0 [ERROR] Aborting
-- server log end --
我也尝试运行./bin/mysqld --initialize --user=mysql命令，但我仍然得到old_passwords等于1的错误。
如果我尝试使用mysql_safe运行服务器，它会说：
*./bin/mysqld_safe: line 130: /var/log/mysqld.log: Permission denied ./bin/mysqld_safe: line 164: /var/log/mysqld.log: Permission denied
151031 20:53:12 mysqld_safe mysqld from pid file
/home/rajeha/software/mysql/the.pid ended ./bin/mysqld_safe: line 130:
/var/log/mysqld.log: Permission denied*
这是因为它试图访问我无法写入的/ var / log /。我可能不得不更改配置文件告诉mysql访问此目录，并且还指定了old_passwrods的值，但我不知道在哪里可以找到它。
感谢您的帮助。 感谢。