Question

以下代码在Python中无法正常运行。问题是使用output不会将输出重定向到>：

command = toolpath + " " + query + " " + number + " > " + output;
process = subprocess.Popen(command.split(), stdout=subprocess.PIPE);
output = process.communicate()[0];

如果您打印它，该命令实际上如下：

./subsetA.pl ./remainingqueries.fasta 100 > ./tmpQuery.fasta

因此perl脚本subsetA.pl接受两个参数并将其写入stdout，并将其重定向到tmpQuery.fasta。但是在调用命令后tmpQuery.fasta为空。

如果我直接在CLI上运行它，那么它可以正常工作。

Answer 1

你可以尝试

command = toolpath + " " + query + " " + number + " > " + output;
process = subprocess.Popen(command.split(), stdout=subprocess.PIPE,Shell=True);
output = process.communicate()[0];

Answer 2

您不需要使用Popen的shell输出重定向运算符;这是stdout参数的用途。

command = [toolpath, query, number]
with open(output) as output_fh:
    process = subprocess.Popen(command, stdout=output_fh)

由于您要调用communicate来获取标准输出，但您根本不想重定向输出：

command = [toolpath, query, number]
process = subprocess.Popen(command, stdout=subprocess.PIPE)
output = process.communicate()[0]

Answer 3

两个当前答案均无效！

这有效（已在Python 3.7上测试）：

subprocess.Popen(['./my_script.sh arg1 arg2 > "output.txt"'],
                 stdout=subprocess.PIPE, shell=True)

注意：

在Popen中不需要拆分或数组。
同时需要stdout和shell两个参数。

Python subprocess.Popen：使用＆＃34;＆gt;＆＃34;重定向不起作用

3 个答案: