Networkx：如何从csv文件创建图形边缘？

Question

我正在尝试使用networkx创建图表，到目前为止，我已经从以下文本文件创建了节点： 文件1（user_id.txt）样本数据：

depends

文件2（user_country.txt）示例数据：如果用户未输入其国家/地区详细信息，则包含少量空行

user_000001
user_000002
user_000003
user_000004
user_000005
user_000006
user_000007

文件3（user_agegroup.txt）数据：包含四个年龄组

 Japan
 Peru
 United States

 Bulgaria
 Russian Federation
 United States

我还有其他两个文件，其中包含以下示例数据，用于在图表中添加边缘

文件4（id，agegroup.txt）

 [12-18],[19-25],[26-32],[33-39]

文件5（id，country.txt）

user_000001,[19-25]
user_000002,[19-25]
user_000003,[33-39]
user_000004,[19-25]
user_000005,[19-25]
user_000006,[19-25]
user_000007,[26-32]

到目前为止，我已编写以下代码来绘制仅包含节点的图形： （请检查代码，因为(user_000001,Japan) (user_000002,Peru) (user_000003,United States) (user_000004,) (user_000005,Bulgaria) (user_000006,Russian Federation) (user_000007,United States) 从不打印正确的节点数，但print g.number_of_nodes() 显示正确的节点数。）

print g.nodes()

除此之外，我无法弄清楚如何从file4和file5添加边缘。任何有关代码的帮助表示赞赏。 谢谢。

Answer 1

为简化起见，我在user_id.txt和id，country.txt文件中创建了用户ID＆＃39,2 [1,2,3,4,5,6,7]。您的代码中存在一些问题：

1-首先，您将一些节点添加到图形中（例如，从user_id.txt文件中），然后绘制它，然后从另一个文件向图形添加一些其他节点，然后再次重新绘制整个图形同一个数字。所以，最后你在一个图中有很多图。

2-您使用draw_circular方法绘制两次，这就是为什么蓝色节点从未出现，因为它们被“红色”＆＃39;节点

我对您的代码进行了一些更改，最后只绘制了一次。为了绘制具有所需颜色的节点，我在添加节点时添加了一个名为colors的属性。然后我使用这个属性来构建一个我发送到draw_networkx函数的颜色映射。 最后，添加边缘有点棘手，因为id，country.txt中的空字段因此我必须在创建图形之前删除空节点。这是代码和之后出现的数字。

G=nx.Graph()

#extract and add AGE_GROUP nodes in graph
f1 = csv.reader(open("user_agegroup.txt","rb"))
for row in f1: 
    G.add_nodes_from(row, color = 'blue')

#extract and add COUNTRY nodes in graph
f2 = csv.reader(open('user_country.txt','rb'))
for row in f2:
    G.add_nodes_from(row, color = 'red') 

#extract and add USER_ID nodes in graph
f3 = csv.reader(open('user_id.txt','rb'))
for row in f3:
    G.add_nodes_from(row, color = 'yellow')

f4 = csv.reader(open('id,agegroup.txt','rb'))
for row in f4:
    if len(row) == 2 : # add an edge only if both values are provided
        G.add_edge(row[0],row[1])

f5 = csv.reader(open('id,country.txt','rb'))

for row in f5:
    if len(row) == 2 : # add an edge only if both values are provided
        G.add_edge(row[0],row[1])
# Remove empty nodes
for n in G.nodes():
    if n == '':
        G.remove_node(n)
# color nodes according to their color attribute
color_map = []
for n in G.nodes():
    color_map.append(G.node[n]['color'])
nx.draw_networkx(G, node_color = color_map, with_labels = True, node_size = 500)

plt.savefig("path.png")

plt.show()