Question

这是我的第一个stackoverflow问题，所以请善待，伙计们！

我非常高兴我最近发现使用devtools构建R软件包的能力。但是，一旦我尝试构建一个使用RcppArmadillo的包，我运行devtools :: document（），devtools :: check（）和devtools :: build（）的工作流程就不再有效了。

例如，我有一个（希望非常小的+完整的）测试版本的测试版本我试图在这里开发：https://github.com/suztolwinskiward/fooR/。 fooR只包含一个函数，它是字段包中rdist.earth函数的C ++实现。

运行devtools :: document（＆＃34; fooR＆＃34;）会发出大量消息（有些消息指向＆＃34;未定义的引用＆＃34;对于不存在于我的源代码中的不可解释的变量对我来说，然后失败了：

    collect2: ld returned 1 exit status
    no DLL was created
    ERROR: compilation failed for package 'fooR'
    * removing 'C:/Users/I53794/AppData/Local/Temp/RtmpWgC8nD/devtools_install_1ea473123086/fooR'
    Error: Command failed (1)

另一方面，当我获取依赖于RcppArmadillo的C ++函数时，它似乎运行得很好：

> Rcpp::sourceCpp('./src/rdist_earth_cpp.cpp')
> data('miami')
> data('new_orleans','katrina_path')
> rdist_earth_cpp(katrina_path,new_orleans)
            [,1]
 [1,] 1042.36073
 [2,]  998.96793
 [3,]  957.69315
 [4,]  917.91486
 [5,]  868.07791
 [6,]  805.73485
 [7,]  763.01476
 [8,]  726.10133
 [9,]  692.14482
[10,]  670.15133
[11,]  662.23353
[12,]  625.55592
[13,]  601.08682
[14,]  579.73940
[15,]  560.32660
[16,]  539.14192
[17,]  510.15438
[18,]  481.40037
[19,]  442.52322
[20,]  391.96619
[21,]  331.66378
[22,]  271.79088
[23,]  201.24749
[24,]  128.12647
[25,]   56.99198
[26,]   45.80297
[27,]   32.96609
[28,]   81.71237
[29,]  189.31050
[30,]  296.92104
[31,]  406.12593
[32,]  516.08458
[33,]  654.81113
[34,]  808.21670

这让我觉得我试图在我的包裹中使用RcppArmadillo的方式有问题，但我还没有弄明白什么。任何建议都非常感谢！

P.S。我很惊讶，这里没有RcppArmadillo标签....

Answer 1

除了jtilly的回答和Dirk的评论：

RcppArmadillo.package.skeleton()生成正确的命名空间文件，但在通过document()运行roxygen2后，命名空间只包含一行

# Generated by roxygen2: do not edit by hand

并覆盖DynLib / export指令。要让roxygen2自动生成正确的命名空间，请将新的R文件添加到包目录的R子目录中，其中包含以下内容：

#' @useDynLib YourPackageName
#' @importFrom Rcpp evalCpp
#' @exportPattern "^[[:alpha:]]+"
NULL

此文件的名称并不重要，但YourPackageName.r通常用于此（种类）＆＃34;主文件＆＃34;。

运行＆＃34; document（）＆＃34;时，会生成以下命名空间文件：

# Generated by roxygen2: do not edit by hand

exportPattern("^[[:alpha:]]+")
importFrom(Rcpp,evalCpp)
useDynLib(YourPackageName)

这是由RcppArmadillo 0.6.700.6.0通过RcppArmadillo.package.skeleton()生成的相同名称空间。

Answer 2

您的NAMESPACE文件为空。它应该包含这样的内容：

<div>

Answer 3

最终工作的是用RcppArmadillo.skeleton.package初始化一个新包，将我以前的所有文件移到其中，手动记录文档，然后使用RStudio中的GUI按钮进行检查和构建。这感觉非常糟糕，我真的很喜欢使用roxygen2更好的文档 - 但作为RcppAmadillo依赖的包开发的相对新手，我很高兴现在已经找到了成功构建的方法！

Answer 4

＆＃39; devtools ::文件（）＆＃39;编译你的代码，老实说，我不知道为什么。这意味着如果编译失败，则文档尚未完成。在你的情况下，这似乎意味着你不会写你的NAMESPACE。

从Dirk的建议开始，添加内容，但必须在文档完成之前进行编译。

使用RcppArmadillo

4 个答案: