Question

我想从python执行R脚本，理想情况下显示和保存结果。使用rpy2有点挣扎，所以我想我只是直接打电话给R.我有一种感觉，我需要使用“os.system”或“subprocess.call”之类的东西，但我无法破译模块指南。

这是R脚本“MantelScript”，它使用特定的stat测试一次比较两个距离矩阵（distmatA1和distmatB1）。这在R中工作，虽然我还没有放入迭代位以便以成对的方式读取和比较一堆文件（我真的需要一些帮助，太btw！ ）：

library(ade4)

M1<-read.table("C:\\pythonscripts\\distmatA1.csv", header = FALSE, sep = ",")
M2<-read.table("C:\\pythonscripts\\distmatB1.csv", header = FALSE, sep = ",")

mantel.rtest(dist(matrix(M1, 14, 14)), dist(matrix(M2, 14, 14)), nrepet = 999)

这是我的python脚本的相关位，它读取一些先前制定的列表并拉出矩阵以便通过此Mantel测试比较它们（它应该从identityA中拉出第一个矩阵并依次将它与identityB中的每个矩阵进行比较），然后用identityB等的第二个矩阵重复。我想保存这些文件然后调用R程序来比较它们：

# windownA and windownB are lists containing ascending sequences of integers
# identityA and identityB are lists where each field is a distance matrix.

z = 0
v = 0

import subprocess
import os

for i in windownA:                              

    M1 = identityA[i]                          

    z += 1
    filename = "C:/pythonscripts/distmatA"+str(z)+".csv"
    file = csv.writer(open(filename, 'w'))
    file.writerow(M1)


    for j in windownB:                          

        M2 = identityB[j]                     

        v += 1
        filename2 = "C:/pythonscripts/distmatB"+str(v)+".csv"
        file = csv.writer(open(filename2, 'w'))
        file.writerow(M2)

        ## result = os.system('R CMD BATCH C:/R/library/MantelScript.R') - maybe something like this??

        ## result = subprocess.call(['C:/R/library/MantelScript.txt'])  - or maybe this??

        print result
        print ' '

Answer 1

如果你的R脚本只有副作用，那么如果你想用Python进一步处理结果，你仍然可以更好地使用rpy2。

import rpy2.robjects
f = file("C:/R/library/MantelScript.R")
code = ''.join(f.readlines())
result = rpy2.robjects.r(code)
# assume that MantelScript creates a variable "X" in the R GlobalEnv workspace
X = rpy2.rojects.globalenv['X']

Answer 2

坚持这一点。

process = subprocess.Popen(['R', 'CMD', 'BATCH', 'C:/R/library/MantelScript.R'])
process.wait()

当wait()函数返回值.R文件完成时。

请注意，您应该编写.R脚本来生成Python程序可以读取的文件。

with open( 'the_output_from_mantelscript', 'r' ) as result:
    for line in result:
        print( line )

不要浪费大量时间试图连接管道。

投入时间让基本的“Python催生R”流程正常运作。

您可以稍后添加。

Answer 3

如果您对通常从Python调用R子进程感兴趣。

#!/usr/bin/env python3

from io import StringIO
from subprocess import PIPE, Popen

def rnorm(n):
    rscript = Popen(["Rscript", "-"], stdin=PIPE, stdout=PIPE, stderr=PIPE)
    with StringIO() as s:
        s.write("x <- rnorm({})\n".format(n))
        s.write("cat(x, \"\\n\")\n")
        return rscript.communicate(s.getvalue().encode())

if __name__ == '__main__':
    output, errmsg = rnorm(5)
    print("stdout:")
    print(output.decode('utf-8').strip())
    print("stderr:")
    print(errmsg.decode('utf-8').strip())

最好通过Rscript来实现。

Answer 4

考虑到你要做的事情，纯粹的R解决方案可能更整洁：

file.pairs <- combn(dir(pattern="*.csv"), 2) # get every pair of csv files in the current dir

这些对是2xN矩阵中的列：

file.pairs[,1]
[1] "distmatrix1.csv" "distmatrix2.csv"

您可以使用apply（使用选项'2'，表示'对列进行操作'）对这些列运行函数：

my.func <- function(v) paste(v[1], v[2], sep="::")
apply(file.pairs, 2, my.func)

在这个示例中，my.func只是将两个文件名粘在一起;你可以用一个执行Mantel测试的函数替换它，比如（未经测试）：

my.func <- function(v){
  M1<-read.table(v[1], header = FALSE, sep = ",")
  M2<-read.table(v[2], header = FALSE, sep = ",")
  mantel.rtest(dist(matrix(M1, 14, 14)), dist(matrix(M2, 14, 14)), nrepet = 999)
}

在Python中运行程序（R）以执行操作（执行脚本）的问题

4 个答案: