for i in ../fromXP/splite_files/F1*.fasta
do
./Repeatmasker $i > "${i%.fasta}"_output.txt
done
我有一个文件夹splite_files,其中包含F1_1.fasta,F1_2.fasta,.... F1_20533.fasta。 现在,我正在尝试检查每个fasta文件的重复并将结果输出到F1_1_output.txt。 但是,上面的命令只给我../fromXP/Split_files/F1_1_output.txt而不是F1_1_output.txt 请给我一些建议。谢谢!
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for f in "${FILES[@]}";
do
bname=$(basename "$f" .fasta);
echo "./RepeatMasker $f > ${bname}_output.txt" >> runfile.txt;
done
这是我解决这个问题的方法。 谢谢!