如何循环潜力？

Question

我目前正致力于溶液中聚合物的分子动力学模拟，这是计算系统势能和施加在每个单体上的力的子程序之一。

WHERE start_time >= (Date + (Hour(Now)<5) + TimeSerial(5, 0, 0))

如何在POT_E下的“33.34 * EPS *功率（sqrt（dist2） - SIG，2）/（2 *功率（SIG，2））”部分进行循环，这是谐波电位，所以它仅评估最近的原子之间的距离（对于j = i + 1到4）。

Answer 1

快速查看代码后，我会提出以下建议：

• 使用pdist一次计算所有距离并将其存储在矩阵中，例如AllDist。
• 基于LENGTH的条件可以直接应用于AllDist。
• 由于您需要找到四个最近邻居，因此需要在AllDist的行（或列）中迭代一个循环，对当前行（或列）进行排序，并为您提供四个最近邻居。请注意，对于每个原子，您将获得0作为最近距离，因为这是“自我距离”。忽略这个。
• 如果您可以访问Matlab的并行计算工具箱，请尝试在适当的位置使用它（parfor）以加速模拟。