将SBML模型转换为可模拟的Matlab函数

Question

我正在寻找一种将SBML模型转换为Matlab函数的工具。我已尝试过libSBML中的SBMLTranslate()函数，但这会返回一个Matlab结构，而不是一个函数。有人知道这样的工具是否存在？感谢

Answer 1

这方面至少有三项努力：

1. Frank Bergmann提供online service for SBML translation，您可以在其中上传SBML文件，它将生成一个MATLAB文件。生成的MATLAB文件顶部的注释说明了如何使用结果。 C ++源代码是available on SourceForge。
2. 上面引用的Bergmann代码被Stanley Gu用来创建一个Windows独立程序sbml2matlab。副手，我不知道Gu的版本是否改变或增强了Bergmann版本使用的算法，但似乎可能。 （注意：据我所知，Gu现在可以在谷歌工作，不再维护此代码了。）
3. Systems Biology Format Converter (SBFC)是一个主要由Nicolas Rodriguez编写的框架;它包括一组转换器，其中一个是SBML-to-MATLAB converter。该转换器是用Java编写的。

我自己还没有比较译者的结果，所以不能说出输出的差异或质量。如果您尝试这些并且有任何反馈意见，请让作者知道。了解对真实用户有用或没有用的东西将有助于改善未来的事情。

最后一点需要注意的是，所有这些都是研究项目，因此请务必相应地设定您的期望。 （这不是对作者的批评;作者非常好 - 我对他们中的大多数人都很了解 - 但学术发展工作的实际情况是我们都缺乏时间和资源来使这些系统全面，强化，抛光和记录到我们希望的程度。）