Question

我使用（osx）pycharm作为ide和anaconda作为python（2.7.10）发行版。最近我安装了rpy2，它在笔记本电脑上工作得很好。

In [5]:import rpy2.robjects as robjects
In [7]:robjects.r.pi[0]
Out[7]:3.141592653589793

但是在pycharm上我遇到了分段错误。

import rpy2.robjects as robjects
/Users/xxx/anaconda/envs/analytics3/bin/python.app: line 3: 695 Segmentation fault: 11 /Users/xxx/anaconda/envs/analytics3/python.app/Contents/MacOS/python "$@"

PYcharm支持声称这是代码中的错误。

任何想法可能是什么？

非常感谢

Answer 1

从

重新安装rpy2

conda install -c conda.anaconda.org/rpy2

解决了这个问题。

Answer 2

如果您通过conda安装rpy2，并且在同一台计算机上（例如RStudio）具有R的系统安装，则将使用系统的R安装。由于此R版本与rpy2所需的版本不匹配，因此会发生分段错误。

1）删除R（see here）的所有现有系统安装。确认您没有任何R的安装：

$>which R
R not found

2）在您的.rc文件中定义R_HOME env变量：

export R_HOME=/Users/<your user>/anaconda3/envs/<env name>/lib/R

或在python项目中动态进行：

import os
os.environ['R_HOME'] = '/Users/<your user>/anaconda3/envs/<env name>/lib/R'

pycharm上的rpy2生成分段错误错误

2 个答案: