Question

我在destdir中有n个文件夹。每个文件夹包含两个文件：* R1.fastq和* R2.fastq。使用此脚本，它将逐个执行作业（bowtie2）并在destdir中输出{子文件夹的名称} .sam。

#!/bin/bash

mm9_index="/Users/bowtie2-2.2.6/indexes/mm9/mm9"
destdir=/Users/Desktop/test/outdir/

for f in $destdir/*
do
fbase=$(basename "$f")
echo "Sample $fbase"
bowtie2 -p 4 -x $mm9_index -X 2000 \
-1 "$f"/*R1.fastq \
-2 "$f"/*R2.fastq \
-S $destdir/${fbase}.sam
done

我想使用gnu并行工具加快速度，你能帮忙吗？谢谢。

Answer 1

使用bash函数：

#!/bin/bash

my_bowtie() {
  mm9_index="/Users/bowtie2-2.2.6/indexes/mm9/mm9"
  destdir=/Users/Desktop/test/outdir/
  f="$1"
  fbase=$(basename "$f")
  echo "Sample $fbase"
  bowtie2 -p 4 -x $mm9_index -X 2000 \
  -1 "$f"/*R1.fastq \
  -2 "$f"/*R2.fastq \
  -S $destdir/${fbase}.sam
}
export -f my_bowtie
parallel my_bowtie ::: $destdir/*

有关详细信息：man parallel或http://www.gnu.org/software/parallel/man.html#EXAMPLE:-Calling-Bash-functions

Answer 2

最简单的说，通常只需将echo放在命令的前面，然后将顺序执行的命令列表发送到GNU Parallel，以便并行执行，如这样：

for f in ...; do
   echo bowtie2 -p 4 ....
done | parallel

将GNU parallel与嵌套for循环和多个变量结合起来

2 个答案: