在Python

Question

我正在尝试从Python脚本运行外部程序。

在这里搜索和阅读多篇文章后，我找到了似乎是解决方案。

首先，我使用了 subprocess.call 函数。

如果我以这种方式构建命令：

hmmer1=subprocess.call("D:\Python_Scripts\HMMer3\hmmsearch.exe --tblout hmmTestTab.out SDHA.hmm Test.fasta")

外部程序 D：\ Python_Scripts \ HMMer3 \ hmmsearch.exe 以 hmmTestTab.out 作为输出的文件名运行， SDHA.hmm < / strong>和 Test.fasta 作为输入文件。

然而，如果我尝试用变量 outfile ， hmmprofile 和 fastafile 替换文件名（我打算收到这些变量作为Python脚本的参数，并使用它们来构建外部程序调用），

hmmer2=subprocess.call("D:\Python_Scripts\HMMer3\hmmsearch.exe --tblout outfile hmmprofile fastafile")

Python打印出一个无法打开输入文件的错误。

我还使用了“Popen”功能，结果类似：

此通话有效

hmmer3=Popen(['D:\Python_Scripts\HMMer3\hmmsearch.exe', '--tblout','hmmTestTab.out', 'SDHA.hmm','Test.fasta'])

而且这个不是

hmmer4=Popen(['D:\Python_Scripts\HMMer3\hmmsearch.exe', '--tblout','outfile', 'hmmprofile','fastafile'])

由于这个原因，我认为我需要了解将变量插入到调用中的过程，因为看起来问题就在那里。

你们有没有人帮我解决这个问题？

提前致谢

Answer 1

尝试改变这一点：

hmmer1=subprocess.call("D:\Python_Scripts\HMMer3\hmmsearch.exe" 

到

hmmer1=subprocess.call('D:\\Python_Scripts\\HMMer3\\hmmsearch.exe'

修改

argv = ' --tblout outfile hmmprofile fastafile' # your arguments
program = [r'"D:\\Python_Scripts\\HMMer3\\hmmsearch.exe"', argv]
subprocess.call(program) 

Answer 2

你有：

hmmer4=Popen(['D:\Python_Scripts\HMMer3\hmmsearch.exe', '--tblout','outfile', 'hmmprofile','fastafile'])

但是没有传递变量 outfile。它传递字符串，'outfile'。

你想：

hmmer4=Popen(['D:\Python_Scripts\HMMer3\hmmsearch.exe', '--tblout', outfile, hmmprofile, fastafile])

另一个答案是正确的，尽管它解决了另一个问题;你应该加倍反斜杠，或使用r''原始字符串。