Question

在Windows 10的RStudio中，我编写了一个并行执行计算的函数，如下所示：

doSomething = function(a, b, c) {

    # Inner function that does the actual work when parallelised
    work = function (a, b, c) {
        # Do something
        e = func1(a, b)
        f = func2(c)
        result = e + f

        return(result)
    }

    # Carry out work in parallel
    cl = makeCluster(6)
    registerDoParallel(cl)
    output = foreach(i = 1:10, .packages=c("foo", "bar")) %dopar%
        work(a, b, c)
    stopCluster(cl)

    return(output)
}

如果我将函数从R脚本加载到内存中，这样可以正常工作;但是，我想将它包含在我正在编写的包中。因此，在包文件中，我小心识别外部函数的命名空间，并在DESCRIPTION文件中引用它们的包。例如：

doSomething = function(a, b, c) {

    # Inner function that does the actual work when parallelised
    work = function (a, b, c) {
        # Do something
        e = foo::func1(a, b)
        f = bar::func2(c)
        result = e + f

        return(result)
    }

    # Carry out work in parallel
    cl = parallel::makeCluster(6)
    doParallel::registerDoParallel(cl)
    output = foreach::foreach(i = 1:10, .packages=c("foo", "bar")) %dopar%
        work(a, b, c)
    parallel::stopCluster(cl)

    return(output)
}

并在DESCRIPTION文件中：

...
Imports:
    foo,
    bar,
    doParallel,
    foreach,
    parallel

（编辑）NAMESPACE文件包含以下内容：

# Generated by roxygen2 (4.1.1): do not edit by hand

export(doSomething)

问题是，当我构建我的包并从包中运行该函数时，我收到以下错误并执行停止：

Error in doSomething(a, b, c):
    could not find function "%dopar%"

由于%dopar%是一个操作符，而不是一个函数，因此我无法在我的包函数中添加foreach::。

我不确定我需要做些什么才能让它正常工作。此外，我所读到的95％的类似问题是由.packages()导致错误的遗漏造成的，而不是%dopar%运算符本身未被识别。这似乎不是原因。

请帮忙！

Answer 1

快速修复foreach％dopar％的问题是重新安装这些软件包：

install.packages("doSNOW")

install.packages("doParallel") 

install.packages("doMPI")

上面的软件包负责R中的并行性。现在删除了旧版本软件包中存在的Bug。我应该提一下，即使您没有直接在项目/包中使用这些包，它也很有可能会有所帮助。

R找不到功能＆＃34;％dopar％＆＃34;

1 个答案: