如何在perl中执行命令的同一文件夹中输出文件

Question

我有fastq_trimmer_command_line.pl。它有chmod 755，位于PATH的目录中。我从我想要输出的目录（~/data/output）运行此脚本，输入文件位于不同的文件夹（~/data）。

命令：

~/data/output$ fastq_trimmer_command_line.pl -f ../r1.fastq -r ../r2.fastq -c 22

fastq_trimmer_command_line.pl：

...important details omitted...
open OUT_R1, ">", "$R1_file-trimmed.fq";

输出文件在输入文件所在的文件夹~/data中创建。如何在r1.fastq--trimmed.fq中创建~/data/output，这是执行命令的目录？

Answer 1

如果我理解正确，如果输入文件是../r1.fastq，您希望输出文件为r1.fastq-trimmed.fq。

use File::Basename qw( basename );

my $input_qfn = '../r1.fastq';
my $output_qfn = basename($input_qfn) . '-trimmed.fq';