我正在尝试编写一个python函数,它将两个列表作为输入:一个包含一些分子SMILES代码,另一个包含分子名称。
然后它计算所有分子对之间的TANIMOTO系数(我已经有了这个功能)并分别返回两个新列表,其中包含所有分子的SMILES和名称,其中Tanimoto与其他任何分子不高于某个分子阈值。
这是我到目前为止所做的,但它给出了错误的结果(我获得的大多数分子几乎相同......):
def TanimotoFilter(molist,namelist,threshold):
# molist is the smiles list
# namelist is the name list (SURPRISE!) is this some global variable name?
# threshold is the tanimoto threshold (SURPRISE AGAIN!)
smilesout=[]
names=[]
tans=[]
exclude=[]
for i in range(1,len(molist)):
if i not in exclude:
smilesout.append(molist[i])
names.append(namelist[i])
for j in range(i,len(molist)):
if i==j:
tans.append('SAME')
else:
tanimoto=tanimoto_calc(molist[i],molist[j])
if tanimoto>threshold:
exclude.append(j)
#print 'breaking for '+str(i)+' '+str(j)
break
else:
tans.append(tanimoto)
return smilesout, names, tans
如果您提出的修改尽可能基本,我将非常感激,因为此代码适用于那些在他们的生活中几乎看不到终端的人......如果是的话,这并不重要充满了让它变慢的循环。
谢谢大家!
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我对函数的逻辑做了一些修改。如问题中所述,它返回两个带有SMILES和名称的列表。我不确定晒黑的目的,因为tanimoto值是一个元组而不是单个分子。无法在没有数据的情况下测试代码,请告诉我这是否有效。
def TanimotoFilter(molist, namelist, threshold):
# molist is the smiles list
# namelist is the name list (SURPRISE!) is this some global variable name?
# threshold is the tanimoto threshold (SURPRISE AGAIN!)
smilesout=[]
names=[]
tans=[]
exclude=[]
for i in range(0, len(molist)):
if i not in exclude:
temp_exclude = []
for j in range(i + 1, len(molist)):
tanimoto = tanimoto_calc(molist[i], molist[j])
if tanimoto > threshold:
temp_exclude.append(j)
if temp_exclude:
temp_exclude.append(i)
exclude.extend(temp_exclude)
else:
smilesout.append(molist[i])
names.append(namelist[i])
return smilesout, names