Question

我有一个关于导出库路径和查询的查询包括Platypus变种来电者。它需要的htslib和platypus安装在服务器上，我没有sudo权限来更改它们。

我正在尝试使用以下代码导出库＆amp;包括用于运行调用者。我错过了osmething因为我无法执行它吗？

代码：

#!usr/perl-w
use strict;
use warnings;

`export LIBRARY_PATH=/opt/htslib/lib/`;
`export LD_LIBRARY_PATH=/opt/htslib/lib/`;
`export INCLUDE_PATH=/opt/htslib/include/`;
system ("python /opt/Platypus_0.8.1/Platypus.py callVariants --help");

任何形式的帮助将不胜感激。

Answer 1

您正在设置新制作的shell的环境变量，而不是父级python的Perl进程。为此，您需要以下内容：

$ENV{LIBRARY_PATH} = '/opt/htslib/lib/';
$ENV{LD_LIBRARY_PATH} = '/opt/htslib/lib/';
$ENV{INCLUDE_PATH} = '/opt/htslib/include/';

代码的最后一行更好地编写如下，因为它避免了不必要的shell：

system("python", "/opt/Platypus_0.8.1/Platypus.py", "callVariants", "--help");

出口图书馆路径＆amp;包含在perl中

1 个答案: