Question

我有一个data.frame，我想对其应用分位数以使数据看起来更简单：

> head(Quartile)
             GSM1321374 GSM1321375 GSM1321376 GSM1321377 GSM1321378 GSM1321379
1415670_at    11.203302  11.374616  10.876187   11.23639   11.02051  10.926481
1415671_at    11.196427  11.492769  11.493717   11.01683   11.15016  11.576188
1415672_at    11.550974  11.267559  11.800991   11.57551   10.93359  11.222779
1415673_at    11.293390  10.978280  11.367316   10.45135   10.35822  10.234964
1415674_a_at   9.254073  10.572670   9.361991   11.26998   10.21125  10.245857
1415675_at     9.922985   9.228195   9.798156   10.02844   10.19928   9.749947

我应用了以下功能，它完成了这项工作。

quantfun <- function(x) as.integer(cut(x, quantile(x, probs=0:4/4), include.lowest=TRUE))
a <- apply(Quartile,1,quantfun)
b <- t(a)
colnames(b) <- colnames(Quartile)

输出是：

> head(b)
             GSM1321374 GSM1321375 GSM1321376 GSM1321377 GSM1321378 GSM1321379
1415670_at            3          4          1          4          2          1
1415671_at            2          3          4          1          1          4
1415672_at            3          2          4          4          1          1
1415673_at            4          3          4          2          1          1
1415674_a_at          1          4          1          4          2          3
1415675_at            3          1          2          4          4          1

但问题是它在每个列上分别应用了分位数，我想为整个data.frame提供一个统一的分位数。

> duration = Quartile$GSM1321374
> quantile(duration)
       0%       25%       50%       75%      100% 
 9.254073  9.922985 11.120381 11.203302 11.550974 
> duration = Quartile$GSM1321375
> quantile(duration)
       0%       25%       50%       75%      100% 
 9.228195 10.572670 10.946407 11.267559 11.492769

Answer 1

首先找到数据框的四分位数范围以获取您的垃圾箱：

quantile(unlist(Quartile))
       0%       25%       50%       75%      100% 
 9.228195 10.229036 10.997555 11.275832 11.800991

我们现在有每组的范围（即9.228 - 10.229）。然后创建四分位数据框：

Quartile[] <- matrix(quantfun(unlist(Quartile)), nrow(Quartile))

我们正在使用unlist(Quartile)将数据框视为向量的事实。如果您希望保留原始数据框并使用副本：

Quartile2 <- Quartile
Quartile2[] <- matrix(quantfun(unlist(Quartile2)), nrow(Quartile2))

如何在数据帧上应用分位数

1 个答案: