Question

我已经编辑了上一个问题，因为它太长而且烦人，现在我已经找到了我想要的东西，我看到在下面的代码中有一些小故障。寻求建议。

我有代码，现在它按预期工作，但我得到一个额外的0行，我无法理解为什么？有什么建议吗？

码

#!/bin/bash
#$ -S /bin/bash

cd /path/vdas/client/ChIP-Seq/output/merge_MACS2_peaks_patient_specific/EOC/test

cut -f 1,2,3 /path/vdas/client/ChIP-Seq/output/merge_MACS2_peaks_patient_specific/EOC/test_merge.bed > tmp
printf "chr\tstart\tend" > tsamples
for file in `ls *.bed`; do
    printf "\t" >> tsamples
    printf `basename $file .bed` >> tsamples
    #echo $file | cut -d_ -f 1,2,3 >> tsamples
    intersectBed -wao -a /path/vdas/client/ChIP-Seq/output/merge_MACS2_peaks_patient_specific/EOC/test_merge.bed -b $file -f 0.20 | cut -f 9 | tail -n+1 | paste tmp - > tmp2
    mv tmp2 tmp
done
echo "" >> tsamples
cat tsamples tmp > histone_marks.map
rm tsamples tmp

输出

chr start   end test_K27ac_S12818   test_K27ac_S12838   test_K27me3_S12815_5cols    test_K27me3_S12830_5cols    test_K4me1_S12816   test_K4me1_S12831   test_K4me1_S12836
chr1    754118  754696  0   0   0   0   290 576 0
chr1    804929  805633  0   0   704 0   277 0   704
chr1    826069  826438  0   0   0   0   369 0   0
chr1    839340  839608  0   0   268 0   268 0   0
chr1    840388  843628  0   0   3240    0   816 2434    923
chr1    845517  847768  0   0   2251    820 1113    2106    1677
chr1    850950  854146  0   0   3196    3196    2184    3196    1302
chr1    855361  857280  0   0   1919    0   1911    1919    979
chr1    857930  859278  0   0   1348    0   1139    1125    923
chr1    859906  860677  351 0   771 463 0   0   771
    0

一切都很好，除了最后一行显示0，不知道为什么？任何建议

Answer 1

我相信我做的正确，所以我自己更改了代码，这就是我做的方式

#!/bin/bash
#$ -S /bin/bash

cd /path/vdas/client/ChIP-Seq/output/merge_MACS2_peaks_patient_specific/EOC/test

cut -f 1,2,3 /path/vdas/client/ChIP-Seq/output/merge_MACS2_peaks_patient_specific/EOC/test_merge.bed > tmp
printf "chr\tstart\tend" > tsamples
for file in `ls *.bed`; do
    printf "\t" >> tsamples
    printf `basename $file .bed` >> tsamples
    #echo $file | cut -d_ -f 1,2,3 >> tsamples
    intersectBed -wao -a /path/vdas/client/ChIP-Seq/output/merge_MACS2_peaks_patient_specific/EOC/test_merge.bed -b $file -f 0.20 | cut -f 9 | tail -n+1 | paste tmp - > tmp2
    mv tmp2 tmp
done
echo "" >> tsamples
cat tsamples tmp > histone_marks.map
rm tsamples tmp
sed '$d' histone_marks.map

这确实有效，但我知道这是一种非常粗暴的方式。我无法弄清楚为什么最后一行0会出来，但它是用某种操作我相信bash而不是intesectBed操作，因为列非常好。

如何将文件中的列粘贴到另一个临时文件？

1 个答案: