对数刻度中的条形图：截止条，缺失值

Question

我试图从以下数据创建一个漂亮的条形图：

> counts$counts_16
[1] 46921  1546   248    78    31    15     1     3     2     2     0
> counts$score
[1]  0  1  2  3  4  5  6  7  8  9 10

使用以下代码：

ggplot(data = counts, aes(x=score, y=counts_16)) +  geom_bar(stat="identity", width=bar.width) + scale_y_continuous(trans=log2_trans())

不幸的是，结果看起来有点奇怪。首先，条形不是从x轴开始，而是位置太高。 然后，第6个值没有条形，应为1。 零，有一个条，虽然不应该有一个。

以下是一个例子：

现在，我理解为什么它在对数刻度上的值为0表示奇怪，但我该如何解决它？我该如何解决其他问题？

Answer 1

日志转换后，条形图的默认“基线”将为1，而不是零，因为log（0）为-Inf。所以当你的计数为1时，没有条形显示，因为条形顶部的底部都等于1.另一方面，因为log（0）= -Inf，计数为零的条形将对于小于1的任何较低y限制，向下延伸超出图的y范围的底部。

更新：关于您的评论，另一个选项是为绘图添加点，以便您获得y值等于1的点。ggplot还包括顶部 - y = 0的点的半部分，这种标记为零计数。例如：

counts = data.frame(score=0:6, counts_16=c(11000,10000,0:4))

ggplot(data = counts, aes(x=score, y=counts_16)) +  
  geom_bar(stat="identity", width=0.1, fill="grey50") +
  geom_point(pch=21, fill="red", size=4) + 
  scale_y_log10(limits=c(1e-1,2e4), breaks=10^seq(-1,4,1), 
                labels=c(0.1, sprintf("%1.0f", 10^seq(0,4,1)))) +
  scale_x_continuous(breaks=0:6)

当然，您可以使用点（也许是连接线来引导眼睛）并消除条形图，从而避免了对数刻度条形图的尴尬基线问题。