Question

 awk 'NR==1 {n=$2} {; file =sprintf("chr1_50kb_%.5d", ($2-n)/50000); if (file !=last_file) {; close(last_file); last_file = file;}; print > file;}' file2

我正在Windows 7上运行cygwin。我在文件1上运行此oneliner并尝试为file2运行它，但结果仍然是给我文件1而不是file2的结果。文件1和文件2位于不同的文件夹中，长度约为500k行。

我该如何解决这个问题？

file1的第一行

chr19 3000118 + 0 0 0 0
chr19 3000119 - 0 0 0 0
chr19 3000315 + 0 0 0 0
chr19 3000316 - 0 0 0 0
chr19 3000602 + 0 0 0 0
chr19 3000603 - 0 0 0 0
chr19 3000718 + 0 0 0 0
chr19 3000719 - 0 0 0 0
chr19 3000720 + 0 0 0 0
chr19 3000721 - 0 0 0 0

file2的第一行

chr1 3000573 + 0 0 1 0 1 0
chr1 3000574 - 0 0 0 0 0 0
chr1 3000725 + 1 0 1 0 2 0
chr1 3000726 - 0 0 0 0 0 0
chr1 3000900 + 1 1 0 1 1 2
chr1 3000901 - 0 0 0 0 0 0
chr1 3001345 + 1 0 1 0 2 0
chr1 3001346 - 1 0 0 0 1 0
chr1 3001393 + 0 0 0 0 0 0
chr1 3001394 - 2 0 1 0 3 0

好像是文件1和2中$ 2重叠的结果，因为最后创建的文件（没有重叠的$ 2的数字）具有我正在寻找的结果。

Answer 1

根据reference manual，＆＃34;＆gt;＆＃34; print redirect将删除输出文件的先前内容。请注意，file1和file2都将尝试重定向到相同的输出文件名（$ 2在同一个50000数字块中）。为避免以这种方式丢失您的任何输入，我建议您更改＆＃34;＆gt;＆＃34;到＆＃34;＆gt;＆gt;＆＃34;相反，它将附加到任何现有文件。在这种情况下，您可能需要在运行之间删除（或清空）输出文件。

再看一下，也许你应该在文件名中编码1美元？除非你希望那些chr19记录进入名为chr1 _...。

的文件中

awk继续运行旧文件而不是新文件

1 个答案: