根据bash

Question

我有一个（fasta）文件input.fa，看起来像这样

>coucou
GAGAGATAGTATAGATATATAGGATATATA
>hello_world
GATATATTCTCTCTGAFAGACGACGACFGACTACTACGAC
>ziva_wesh
HAHTAHTAHTAHCGAGAGACAGCAGCAGCACTTACTACATCHBACAHCAHCAHA

我想摆脱两者

>coucou
GAGAGATAGTATAGATATATAGGATATATA

和

>ziva_wesh
HAHTAHTAHTAHCGAGAGACAGCAGCAGCACTTACTACATCHBACAHCAHCAHA

我在做什么（基于@Hai Vu的this solution

$awk '/hello/{getline;next} 1' input.fa | awk '/coucou/{getline;next} 1'
>ziva_wesh
HAHTAHTAHTAHCGAGAGACAGCAGCAGCACTTACTACATCHBACAHCAHCAHA

有没有办法（使用awk或sed或perl脚本）执行此操作，而无需将第一个awk结果“管道”到第二个awk命令？ （像/hello&coucou/{getline;next} 1' input.fa）

感谢您的回答！

Answer 1

一个简单的方法：

$ awk '/hello/{getline;next} /coucou/{getline;next} 1' input.fa 
>ziva_wesh
HAHTAHTAHTAHCGAGAGACAGCAGCAGCACTTACTACATCHBACAHCAHCAHA

或者如果您愿意：

$ awk '/(hello)|(coucou)/{getline;next} 1' input.fa 
>ziva_wesh
HAHTAHTAHTAHCGAGAGACAGCAGCAGCACTTACTACATCHBACAHCAHCAHA

Answer 2

一个简单的sed命令也可以处理：

sed -nr '/>(hello|coucou)/{N;d};p' file
>ziva_wesh
HAHTAHTAHTAHCGAGAGACAGCAGCAGCACTTACTACATCHBACAHCAHCAHA

Answer 3

这可能适合你（GNU sed）：

sed -r '/>(coucou|ziva_wesh)/,+1d' file

这将删除2行的范围（包含>coucou或>ziva_wesh的行与下一行的匹配。）