如何从文件中读取特定行

Question

我有一个FASTA文件，它看起来像这样：

我想要这个：

sequence1: ATGCACCGT
sequence2: GACCTAGCA

结果。

我该怎么办？

编辑： 我试着重新制定它，

所以我有一个（fasta）文件，有多行。 某些行具有特殊字符（＆gt;）作为第一个字符。我不需要这些行，但行显示第一个序列结束的位置，以及另一个序列开始的位置。

我想把它读成两个单独的字符串 第一个字符串是第一个字符串，第二个字符串是第二个字符串。

但我不知道怎么能告诉pycharm我想要阅读＆gt;标志，比其余的去另一个字符串，直到下一个＆gt;签...

Answer 1

with open('data', 'r') as f:
     s = [x.strip() for x in f]

for i, el in enumerate(s):
    if i % 2 == 0:
        s[i] = 'sequence'  + str(i+1)


print(s)

['sequence1', 'ATGCACCGT', 'sequence3', 'GACCTAGCA']

Answer 2

我查看了维基百科上的FASTA规范。看起来长序列可以跨越多行。在这种情况下，我假设你想要连接线。它还说信息行以＆＃34;＆gt;＆＃34;但也可以从＆＃34 ;;＆＃34;开始。假设文件足够小，可以完全读入内存，我使用正则表达式提出了以下内容：

get diff 10eab44a41a4f4141b7cce80ffcaa7a676297bcb 8781017d5d7e507511fd1631b9263620671407ea