使用R

时间:2015-10-07 19:38:46

标签: r image matlab resampling

我想将尺寸为53x63x46的fmri图像(nii或.img)重新采样为256x256x256的新图像。

事实上,我只需要新的3D阵列(矩阵)。

在R中将是:

NEWIMAGE [1:256,1:256,1:256]

如果不可能,你知道SPM(matlab)是如何做到的吗?如果可能的话,代码。

源图像文件,例如:

IMG Dimension(53x63x46):https://www.dropbox.com/s/25oa0wr7prbcbl7/fica_3.img?dl=0

HDR:https://www.dropbox.com/s/4quyx60wraiw2o4/fica_3.hdr?dl=0

使用SPM的结果:

新IMG维度(256x256x256):https://www.dropbox.com/s/y4ut9ttrj964q8c/ica3.nii?dl=0

谢谢!

1 个答案:

答案 0 :(得分:0)

我找不到使用R专门做的方法,但我会提出两种方法:

1 - 使用Fresurfer:

#!/bin/bash
export FREESURFER_HOME=~/Neuro/freesurfer # your folder...
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh

mri_convert -rl reference_image.img -rt interpolate image_to_resample.img new_image.img 

2 - 使用FSL:

flirt -in image_to_resample.img -ref ref_image.img -out new_image.img -applyisoxfm 1

您也可以使用SPM,“Coregister(Reslice)”。

希望它有所帮助!