运行python脚本并在linux命令行中获取变量

时间:2015-10-07 07:24:08

标签: linux python-3.x supercomputers

我有低拉姆笔记本电脑,但我需要处理超过1Gb的全基因组数据。为此,我连接到一台超级计算机。 在Windows机器中,我在IDLE或Pyscripter中运行代码,当出现错误时,它很容易识别,因为到错误点的所有变量都是可用的和可访问的。例如,如果你有这样的代码:

genome_dict={}
with open ('genome.fa') as file:
      chromosome= parse(file)
      sequence= parse(file)
      genome_dict[chromosome[z]]=sequence[n][m]

如果在解析染色体和序列变量时出错,它们的值可以在IDLE中访问。但是在超级计算机linux机器中,当发生错误时我无法获取变量以找出问题所在,我无法使用打印变量因为它太大而无法打印。 我的问题是,有没有办法在linux命令行中运行python脚本,你可以获得在运行脚本完成处理过程中生成的变量,无论是否有错误?

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