Question

我正在尝试使用raster::extract(raster,spatialpolygons)来源脚本，因此它会打印有关用于提取的多边形的消息。该文件的最终输出是我想要显示的ggplot，但我不希望显示来自R的任何消息。

```{r percent of avg, echo=FALSE,message=FALSE,warning=FALSE,fig.width=15}
source('src/analysis/extract_huc4_elev.R') 
```

没有任何块选项回显，消息或警告似乎抑制此输出。如果我使用include=F，则情节不会显示。

编辑：我有一个印刷声明，以便解释其中一些： - 和一些额外的调查发现它实际上是这一行：

> huc4=readOGR('data/gis','UpperCRB')

## OGR data source with driver: ESRI Shapefile 
## Source: "data/gis", layer: "UpperCRB"
## with 8 features
## It has 9 fields

您可以使用以下命令隐藏脚本中的消息：

> huc4=readOGR('data/gis','UpperCRB',verbose=F)

我仍然希望有一种方法可以在markdown输出中隐藏所有脚本消息，例如在这种情况下，我采购R文件因为我认为它更易于维护（这是我的第一个可重复的报告） - 这意味着我仍然希望看到这些消息（打印语句，详细输出等）当我正在编写脚本时。

另外，以下是sessionInfo()，以防万一：

## R version 3.2.2 (2015-08-14)
## Platform: x86_64-apple-darwin13.4.0 (64-bit)
## Running under: OS X 10.9.5 (Mavericks)
## 
## locale:
## [1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8
## 
## attached base packages:
## [1] parallel  stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods  
## [8] base     
## 
## other attached packages:
##  [1] ncdf4_1.13      gstat_1.0-26    doMC_1.3.3      iterators_1.0.7
##  [5] foreach_1.4.2   ipred_0.9-5     MASS_7.3-44     rgdal_1.0-7    
##  [9] readr_0.1.1     dplyr_0.4.3     plyr_1.8.3      tidyr_0.3.1    
## [13] raster_2.4-20   sp_1.2-0        ggplot2_1.0.1  
## 
## loaded via a namespace (and not attached):
##  [1] Rcpp_0.12.1      formatR_1.2.1    xts_0.9-7        class_7.3-13    
##  [5] tools_3.2.2      rpart_4.1-10     digest_0.6.8     evaluate_0.8    
##  [9] gtable_0.1.2     lattice_0.20-33  DBI_0.3.1        yaml_2.1.13     
## [13] prodlim_1.5.5    proto_0.3-10     stringr_1.0.0    knitr_1.11      
## [17] grid_3.2.2       nnet_7.3-11      spacetime_1.1-4  R6_2.1.1        
## [21] survival_2.38-3  rmarkdown_0.8    lava_1.4.1       reshape2_1.4.1  
## [25] magrittr_1.5     intervals_0.15.1 codetools_0.2-14 scales_0.3.0    
## [29] htmltools_0.2.6  splines_3.2.2    assertthat_0.1   colorspace_1.2-6
## [33] stringi_0.5-5    lazyeval_0.1.10  munsell_0.4.2    FNN_1.1         
## [37] zoo_1.7-12

Answer 1

根据@RobertH评论http://yihui.name/knitr/demo/output的链接，我测试并发现您可以使用results='hide',fig.keep='high',fig.show='asis'并且文本输出（例如print（）和cat（）语句不会被打印在HTML中，但图表仍然存在！

Answer 2

在搞砸了这个之后，我意识到另一种方法是使用include=F并在R脚本中将绘图保存到磁盘，然后在r块之外使用![Figure](/path/to/fig.png)

从源脚本

2 个答案: