Question

我正在Mac OSX上开发一个R包，其中包含一些低级C/C++代码和openMP支持。 C++代码是使用Rcpp包编写的。我的全球＆＃39; Makevars＆＃39;＆＃39;文件放在~/.R/文件夹下。该文件如下所示。

CC=clang-omp
CXX=clang-omp++

PKG_CFLAGS=Wall -pedantic
PKG_CFLAGS= -fopenmp
PKG_CXXFLAGS= -fopenmp
PKG_LIBS= -fopenmp -lgomp

在这种配置下，一切都很棒！

但是，现在我想为自己的编译构建特定于包的Makevars文件，以使包可移植。我尝试的只是将全局Makevars文件移动到我的R pakcage src文件夹中。但是，编译器抱怨它无法找到openMP头文件omp.h：

** libs
clang++ -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG  -I/usr/local/include -I/usr/local/include/freetype2 -I/opt/X11/include -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/Rcpp/include" -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/bigmemory/include" -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/BH/include"  -fopenmp -fPIC  -Wall -mtune=core2 -g -O2  -c RcppExports.cpp -o RcppExports.o
RcppExports.cpp:12:10: fatal error: 'omp.h' file not found
#include <omp.h>
         ^
1 error generated.
make: *** [RcppExports.o] Error 1
clang++ -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG  -I/usr/local/include -I/usr/local/include/freetype2 -I/opt/X11/include -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/Rcpp/include" -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/bigmemory/include" -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/BH/include"  -fopenmp -fPIC  -Wall -mtune=core2 -g -O2  -c RcppExports.cpp -o RcppExports.o
RcppExports.cpp:12:10: fatal error: 'omp.h' file not found
#include <omp.h>
         ^
1 error generated.
make: *** [RcppExports.o] Error 1

正如您所看到的，编译器变为clang和clang++，而不是Makevars文件中指定的内容：CC=clang-omp和CXX=clang-omp++。

问题1：那么如何解决此问题并在R包中构建Makevars文件？

另一件事是，我从Writing R extensions注意到，

For example, a package with C code written for OpenMP should have in src/Makevars the lines

PKG_CFLAGS = $(SHLIB_OPENMP_CFLAGS)
PKG_LIBS = $(SHLIB_OPENMP_CFLAGS)

问题2：例如，宏$(SHLIB_OPENMP_CFLAGS)和标记-fopenmp之间有什么区别？我应该在哪种环境下使用？我试图用宏替换标志，但仍无法解决问题。

Answer 1

关于问题，我最喜欢的方法是从工作包复制。这是例如（推荐/核心）包mgcv：

的部分

PKG_LIBS =  $(LAPACK_LIBS) $(BLAS_LIBS) $(FLIBS) $(SHLIB_OPENMP_CFLAGS)
PKG_CFLAGS = $(SHLIB_OPENMP_CFLAGS)

我自己和Andreas在较小的winsorize包（在GitHub上）使用相同的代码段。

关于问题2：第一种形式更通用，并允许其他OpenMP实现。它使用R在配置时发现可用的东西。

Answer 2

听起来你需要像Dirk描述的Makevars包;对于您的本地环境，让〜/ .R / Makevars使用CC和CXX将C和C ++编译器设置为支持OpenMP的版本。

你的软件包（如果用于CRAN，实际上任何没有与安装OpenMP版本的clang作斗争的Mac R用户）都需要在没有OpenMP的情况下工作，所以你的代码和编译器标志可能不应该没有。假设它存在。

R包与C / C ++和openMP：如何制作＆＃34; Makevars＆＃34;文件在＆＃34; mypackage / src /＆＃34;文件夹？

2 个答案: