Question

我使用以下shell脚本在我的群集上运行模拟。

  #PBS -N 0.05_0.05_m_1_200k
  #PBS -l nodes=1:ppn=1,pmem=1000mb
  #PBS -S /bin/bash
  #$ -m n
  #$ -j oe


  FOLDER= 0.57

  WDIR=/home/vikas/ala_1_free_energy/membrane_200k/restraint_decoupling_pullinit_$FOLDER

  cd /home/vikas/ala_1_free_energy/membrane_200k/restraint_decoupling_pullinit_$FOLDER

  LAMBDA= 0.05

 /home/durba/gmx455/bin/mdrun -np 1 -deffnm md0.05 -v

 ############################

现在我的问题是我的脚本无法识别变量FOLDER并抛出错误

     couldn't find md0.05.tpr

存在于文件夹中。如果我在$ folder的位置写0.57，它工作正常，这让我觉得它没有识别变量FOLDER。 LAMBDA在两个案例中都得到了很好的认可。如果有人能在这里帮助我，我将不胜感激。

Answer 1

=与您希望分配给变量的值之间不应有空格：

FOLDER="0.57"

WDIR="/home/vikas/ala_1_free_energy/membrane_200k/restraint_decoupling_pullinit_$FOLDER"

cd "/home/vikas/ala_1_free_energy/membrane_200k/restraint_decoupling_pullinit_$FOLDER"

LAMBDA="0.05"

/home/durba/gmx455/bin/mdrun -np 1 -deffnm md0.05 -v

############################

我添加的所有双引号""对于此示例并非绝对必要，但最好是使用它们。

变量未在shell脚本

1 个答案: