Question

我想知道如何从命令行使用Apache cTAKES。

E.g。：

我有一个文件note.txt，其中包含一些像＃34;患者的文字血糖升高，但测试证实没有糖尿病。病人的父亲有成人发病的糖尿病。＆＃34;
我想使用提供的分析引擎 \apache-ctakes-3.2.2-bin\apache-ctakes-3.2.2\desc\ctakes-clinical-pipeline\desc\analysis_engine\AggregatePlaintextUMLSProcessor.xml

如何使用the获取分析引擎的输出（即注释）命令行（即不使用UIMA CAS等图形用户界面） Visual Debugger或Collection Processing Engine）？我更喜欢使用提供的JAR文件而不必编译代码。

问题相当简单，但我无法找到信息 cTAKES's README或在Confluence。

Answer 1

请尝试以下步骤从命令行使用cTAKES CPE（密钥类为“org.apache.uima.examples.cpe.SimpleRunCPE”）：

将目录更改为$ CTAKES_HOME / desc / ctakes-clinical-pipeline / desc / collection_processing_engine /
将test_plaintext.xml复制到另一个文件（例如“test_plaintext_test.xml”）。
编辑“test_plaintext_test.xml”以设置输入目录;找到name =“InputDirectory”的“nameValuePair”，并将值字符串设置为输入目录。以下示例将输入目录设置为“$ CTAKES_HOME / note_input”：
```
<nameValuePair>
    <name>InputDirectory</name>
    <value>
        <string>note_input</string>
    </value>
</nameValuePair>
```

同样，编辑“test_plaintext_test.xml”以设置输出目录（以下示例中为“$ CTAKES_HOME / result_output”）：

<nameValuePair>
    <name>OutputDirectory</name>
    <value>
        <string>result_output</string>
    </value>
</nameValuePair>

保存“test_plaintext_test.xml”并将目录更改为$ CTAKES_HOME / bin。
将runctakesCPE.sh复制到另一个文件（例如“runctakesCPE_CLI.sh”）。

编辑“runctakesCPE_CLI.sh”;将最后一行（“java ...”）替换为以下行（“USER”和“PW”应替换为您的UMLS用户名和密码，并且可以根据内存大小调整内存设置Xms和Xms在你的机器上）：

java -Dctakes.umlsuser=USER -Dctakes.umlspw=PW -cp $CTAKES_HOME/lib/*:$CTAKES_HOME/desc/:$CTAKES_HOME/resources/ -Dlog4j.configuration=file:$CTAKES_HOME/config/log4j.xml -Xms2g -Xmx3g org.apache.uima.examples.cpe.SimpleRunCPE $CTAKES_HOME/desc/ctakes-clinical-pipeline/desc/collection_processing_engine/test_plaintext_test.xml

保存“runctakesCPE_CLI.sh”，然后创建输入目录（“$ CTAKES_HOME / note_input”）和输出目录（“$ CTAKES_HOME / result_output”）。
将note.txt放入输入目录（例如“$ CTAKES_HOME / note_input / note.txt”），然后运行“runctakesCPE_CLI.sh”。
cTAKES CPE将在命令行模式下开始运行，生成的文件将在输出目录中生成（例如，“$ CTAKES_HOME / result_output / note.txt.xml”）。

我实际上使用了你的note.txt来运行上面的步骤，这里是生成的note.txt.xml的前几行：

    <?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?><CAS version="2">
        <uima.cas.Sofa _indexed="0" _id="3" sofaNum="1" sofaID="_InitialView" mimeType="text" sofaString="Patient had elevated blood sugar but tests confirm no diabetes. Patient's father had adult onset diabetes.&#10;"/>
        <org.apache.ctakes.typesystem.type.structured.DocumentID _indexed="1" _id="1" documentID="note.txt"/>
        <uima.tcas.DocumentAnnotation _indexed="1" _id="10" _ref_sofa="3" begin="0" end="107" language="x-unspecified"/>
        <org.apache.ctakes.typesystem.type.textspan.Segment _indexed="1" _id="15" _ref_sofa="3" begin="0" end="107" id="SIMPLE_SEGMENT"/>
        <org.apache.ctakes.typesystem.type.textspan.Sentence _indexed="1" _id="21" _ref_sofa="3" begin="0" end="63" sentenceNumber="0"/>

希望这会有所帮助： - ）

Answer 2

java -Dctakes.umlsuser=USER -Dctakes.umlspw=PW -cp $CTAKES_HOME/lib/*;$CTAKES_HOME/desc/;$CTAKES_HOME/resources‌/ - Dlog4j.configuration=file:$CTAKES_HOME/config/log4j.xml -Xms2g -Xmx3g to_replace $CTAKES_HOME/desc/ctakes-clinical-pipeline/desc/collection_p‌rocessing_engine/tes‌t_plaintext_test.xml

用“

”替换“to_replace”

org.apache.ctakes.ytex.tools.RunCPE or org.apache.ctakes.core.cpe.CmdLineCpeRunner

如何从命令行使用cTAKES？

2 个答案: