关于rownames的R数据帧中的奇怪行为

Question

我有两个data.frame，如果我使用head命令，其中一个隐藏其rownames。

这是好的，我可以看到它的rownames：

  > rownames(head(countData1))
  [1] "FBgn0000003" "FBgn0000008" "FBgn0000014" "FBgn0000015" "FBgn0000017"
  [6] "FBgn0000018"

此data.frame隐藏其rownames：

 > rownames(head(countData))
 [1] "1" "2" "3" "4" "5" "6"

但如果我只查看rownames，它会出现：

 head (rownames(countData))
[1] "NONMMUT000003" "NONMMUT000005" "NONMMUT000011" "NONMMUT000020"
[5] "NONMMUT000022" "NONMMUT000024"

 > head (rownames(countData1))
 [1] "FBgn0000003" "FBgn0000008" "FBgn0000014" "FBgn0000015" "FBgn0000017"
 [6] "FBgn0000018"

问题在于，当进行下游分析时，countData data.frame上的rownames设置为NULL。

 > dds
class: DESeqDataSet 
dim: 40699 10 
exptData(0):
assays(1): counts
**rownames: NULL**
rowRanges metadata column names(0):
colnames(10): 1 2 ... 9 10
colData names(3): sampleNames condition type

有人有任何想法吗？

Answer 1

解决了我的问题。这个问题是因为类不兼容。

使用as.data.frame（countData）解决了这个问题。