使用R将字母（字符串）更改（转换）为数字

Question

我正在尝试将AA，GG，GA等字母（基因型）对转换为数值。所以例如我想要AA = 0，GG = 1，AG = 2，CC = 3，TT = 4等。我的数据样本如下：

S1 S2 S3
AA CC AA
AA GG TT
AA CC GG
AA AG AA

我一直在尝试在dplyr包中使用mutate函数，但我有点卡住了。

我运行的代码给出了一个错误：

DF1 <- DF %>% mutate_each(funs(chartr("AA", "0", .)))

  

章程中的错误（＆＃34; AA＆＃34;，＆＃34; 0＆＃34;，c（1L，1L，1L，1L，1L，2L，2L，2L，1L））：         ＆＃39;老＆＃39;比新的＆＃39;

更长

我尝试将代码编辑为：

DF1 <- DF %>% mutate_each(funs(chartr("AA", "00", .)))

这给了我下面的结果，但它仍然不是我想要它做的。有人可以帮我解决一些如何处理它的想法吗？

S1 S2 S3
1 00 CC 00
2 00 GG TT
3 00 CC GG
4 00 0G 00

我想要的结果是：

S1 S2 S3
1 0 3 0
2 0 1 4
3 0 3 1
4 0 1 0

Answer 1

dat <- read.table(text="S1 S2 S3
AA CC AA
AA GG TT
AA CC GG
AA AG AA", header=TRUE, stringsAsFactors=FALSE)

假设有限的翻译表：

xlate <- c(AA = 0, GG = 1, AG = 2, CC = 3, TT = 4)

dat[] <- lapply(dat, function(x) { xlate[x] })

dat
##   S1 S2 S3
## 1  0  3  0
## 2  0  1  4
## 3  0  3  1
## 4  0  2  0