我有许多VCF格式的文件。这就是它的样子
1 127573 rs7 G A 79.78 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=-0.358;DB;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=15.96;ReadPosRankSum=1.231 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:27:108,0,27
其中我需要划分最后一列的第二部分并在新列中打印输出..即，从上面的例子中，它的3和5（从第10列0/1：2,3：5： 27：108,0,27）和它应该看起来的输出，即0.6（即3/5）作为最后一列
1 127573 rs7 G A 79.78 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=-0.358;DB;DP=5;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=15.96;ReadPosRankSum=1.231 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:27:108,0,27 0.6
为了达到这个目的，我在unix中使用了awk，如下所示，
cat result_1 |cut -f10 | sed 's/:/\t/g' >sample
cat sample | cut -f2 | sed 's/,/\t/g' | awk '$2!=0 || $3!=0{print $1"\t"$2"\t"$2/$3}' >result_1
但它抱怨为
awk: (FILENAME=- FNR=1) fatal: division by zero attempted
Python或Perl中的任何其他替代解决方案都会很棒.. !!!
答案 0 :(得分：3)
awk '{split($NF, a, /[,:]/); $(++NF) = a[3]/a[4]; print}' file
好的，除以零：
awk '{split($NF, a, /[,:]/); $(++NF) = (a[4]==0 ? "Inf" : a[3]/a[4]); print}' file
答案 1 :(得分：1)
这是一种perl方式：
perl -ne 'chomp;if(/\t[^, ]+,(\d+):0*([1-9]\d*)[\S ]*$/){$n=$1;$d=$2;print("$_\t",$n/$d,"\n")}else{print("$_\t\n")}' < result_1 > result_1.new
这样做。它将确保匹配中分母的非0正值（[1-9] \ d *），并允许使用＆＃39; 0 *＆＃39;在它面前。
chomp删除了硬回车（＆＃34; \ n＆＃34;），因此在印刷品中添加了它。
它确保您解析从最后一个标签到字符串末尾的最后一列，并且它允许空格。
-n将代码包装在while（）{...}。
中它会添加一个标签，即使存在除零，但在这种情况下，将最后一列留空。
如果要覆盖原始文件，可以在以后复制文件，但我更喜欢将前体保存为备份。
在perl或其他语言中可能存在更简洁/可读的方式，但这就足够了。