Question

你可以帮我解决下面的问题。非常感谢。

写一个clojure程序。给定整数L和t，字符串Pattern在（较大的）字符串内形成（L，t）-clump文本，如果存在长度为L的Text的连续子字符串，其中Pattern至少出现t次。例如，TGCA在以下文本中形成（25,3） - 团块：gatcagcataagggtcccTGCAATGCATGACAAGCCTGCAgttgttttac。编写一个函数findclumps，其中包含四个参数Text，k（整数），L（整数），t（整数），它返回长度为k的序列字符串，形成Text中的（L，t）-clump。例如:( def text“CGGACTCGACAGATGTGAAGAAATGTGAAGACTGAGTGAAGAGAAGAGGAAACAC GACACGACATTGCGACATAATGTACGAATGTAATGTGCCTATGGC”）（find-clumps text 5 75 4）返回（“CGACA”“GAAGA”“AATGT”）

(defn k-mers 
 [k text] 
 (map #(apply str %) (partition k 1 text))) 

(defn most-frequent-k-mers 
 [k t text] 
 (->> (k-mers k text) 
      (frequencies) 
      (filter #(<= t (second %))) (map first))) 

(defn find-clump 
 [k L t text] 
 (let [windows (partition L 1 text)] 
   (->> windows 
        (map #(most-frequent-k-mers k t %)) 
        (map set) (apply clojure.set/union))))

Answer 1

试试这个：

(defn find-clumps
  [text k l t]
  (map #(apply str (first %))
       (into #{}
             (filter #(= (second %)
                         t)
                     (mapcat #(frequencies (partition k 1 %))
                             (partition l 1 text))))))

：）

Clojure计划，基本编程

1 个答案: