在RMarkdown / knitr中绘制边距

Question

在RStudio中，我的情节看起来很完美，但是当我通过“编织HTML”按钮生成HTML时，我的边距被切断了。

我正在使用基础图形包来创建一个简单的条形图。

我有一个较大的下边距，以容纳x轴上的垂直标签，以及一个较宽的左边距，以保持y轴标题在某些大数字的左边，例如：

```{r set-graph-options}
par(mar = c(12, 6, 4, 2) + 0.1, mgp = c(4, 1, 0), las = 2)
```

x轴和y轴标签/标题都受到影响;使用默认mgp设置，我的ylab设置显示正常，但值较大时，它似乎被推离“画布”（或R中的任何术语）。

我还注意到knitr / rmarkdown无法识别全局设置的par()选项。例如，在设置上述内容后，barplot(injury_top12, ylab = "Injuries")将无法识别mar，mgp或las选项，但是如果我将选项复制到barplot()中自称，las = 2＆amp; mgp = c(4, 1, 0)开始工作，但仍然无法识别mar。

我尝试使用命令R -e "rmarkdown::render('Readme.Rmd')"从命令行生成HTML，这显示了同样的问题。

我使用的是R Studio 0.98.1103，knitr是1.11，rmarkdown是0.8，OS是ubuntu linux。

Example.Rmd：

```{r echo = F, example-set-par}
library(knitr)
opts_knit$set(cache = FALSE, verbose = TRUE, global.par = TRUE)
par(mar = c(12, 6, 4, 2) + 0.1, mgp = c(4, 1, 0), las = 2)
d <- c("This is a longer than usual label" = 355,
       "Another quite long label" = 144,
       "A third longish label for a barplot" = 222)
```

Plot one depends on values set by `par()`:

```{r echo = F, example-plot-using-par}
barplot(d, ylab = "Arbitrary numbers")
```

Plot two explicitly sets options:

```{r echo = F, example-plot-with-explicit-options}
barplot(d, ylab = "Arbitrary numbers", mar = c(12, 6, 4, 2) + 0.1, mgp = c(4, 1, 0), las = 2)
```

当我编写此Rmd文档时，第一个图表不使用las中设置的mgp或par()选项。第二个绘图确实如此，但是x轴标签被截断，y轴标题几乎完全被推出框架（y的尾部略微可见）。

Answer 1

对于希望直接将答案隐藏在评论和推文中的人们，您的.Rmd文件应如下所示：

---
title: exemple
header of your Rmd
---

```{r}
library(knitr)
opts_knit$set(global.par = TRUE)
```
The important think in the previous chunk is  to put global.par=TRUE 

Plot one depends on values set by `par()`:

```{r}
par(mar=c(5,5,0,0)) #it's important to have that in a separate chunk
``` 
Now we just plot a point with the good margin set by the global `par()`

```{r}
plot(1,1,main="a plot with the margin as set globally")
```

如果您不想在输出中包含用于设置全局边距的代码，只需添加：

```{r,include=FALSE}
par(mar=c(5,5,0,0))
``` 

在您不想包含的块中。