Question

我正在尝试使用glmnet包构建模型，但是当我运行以下行时出现以下错误：

#library('glmnet')
x = model.matrix(response ~ ., data = acgh_frame[,c(3:ncol(acgh_frame))])

Error: protect(): protection stack overflow

我知道这是由于我在数据帧中存在大量变量（26k +）。当我使用较少的变量时，错误不会显示。我知道如何在命令行R中解决这个问题，但我需要留在R studio中，所以我想从R Studio修复它。那么，我该怎么做呢？

Answer 1

@ Ansjovis86

您可以将ppsize指定为Rstudio的命令行参数

rstudio.exe --max-ppsize=5000000

您也可以通过.Rprofile或在运行时使用options(expressions = 5e5)命令设置表达式选项。

> options(expressions = 5e5)
>?options

...

<强> 表达式：

设置将要计算的嵌套表达式数量的限制。有效值为25 ... 500000，默认值为5000.如果增加它，您可能还需要使用更大的保护堆栈启动R;请参阅内存中的--max-ppsize。另请注意，您可能会导致C堆栈溢出的段错误，并且在可能的情况下，您可能希望增加它。达到限制后，将引发错误。可以通过调用Cstack_info找到当前正在评估的号码。

Cstack_info() - to determine current setting.s

Answer 2

根本原因是model.matrix函数，它将1）使用大量内存; 2）将此错误抛给足够大的no。列。

尝试使用我的glmnetUtils包，它将解决这两个问题。它不是一次性构建模型矩阵，而是按术语来表示;它也不会尝试评估大型公式。这是一个 lot 更快，并没有冒险炸毁堆栈的风险。

install.packages("glmnetUtils")
library(glmnetUtils)
glmnet(response ~ ., data = acgh_frame[3:ncol(acgh_frame)])

Answer 3

使用PCR或PLSR减少色谱柱

如何解决R Studio中的“保护堆栈溢出”问题

3 个答案: