给出测量点(y_i,t_i)(而在这个最小的例子中,y_i只是3-dim向量(最初来自R ^ 6)和t_i固定时间点。我不得不(不确定代码,现在的方式,表达它)应用Gauss-Newton方法,以便最小化平方误差的(双)和,并在拟合系统中找到函数参数aj,cj(在函数&表示的代码中) #34; fitFunc&#34)。 因为我在C ++实现中不断得到一个雅可比矩阵的Inf小条目,我搜索了一个替代方案,偶然发现了R中的nls函数(因为我得到了奇异的梯度矩阵'错误当使用nls时,我开始转向nlsLM )
这是最小的例子(仅使用N_0和N_r,而原始系统有3个不同的类似sumExp的函数,在fitfunc中调用N_0c和N_c):
library(stats)
a_param<-c(0.0294, 0.296, 0.0959)
c_param<-c(0.0574, 0.2960142, 0.3199)
time<-c(0,36,48,60,72,96)
N_srt<-55827
N_0 <- function(ti,cj) {N_srt*exp(-cj[1]*ti)}
prod_a<-function (i, aj){ #input i>=2
p<-1
j<-1
while (j<=i-1){
p <-p*aj[j]
j<-j+1
}
p
}
PaarProdukt<-function (j, i, cj){
p<-1
k<-1
while (k<=i){
if (k!=j){
p<-p*1/(cj[k]-cj[j])
}
k<-k+1
}
p
}
sumExp<-function(i, cj, ti){ #input i>=2
s<-0
j<-1
while (j <= i){
s<-s+exp(cj[j])*PaarProdukt(j,i,cj)
j<-j+1
}
s
}
N_r <- function(ti, i, cj, aj ){#i >2
P<-prod_a(i,aj)
S<-sumExp(i,cj,ti)
2^(i-1)*N_srt*P*S
}
#-------------------
givendata<-c(55827,0,0,
18283,12197,0,
11678,15635,19550,
6722,8315,13609,
5104,3316,6282,
715,915,1418)
# as I was annoyed with the fact, that R repliates the vector "time" 3 times so as to match its size with the size of "givendata", I introduced
zeitSpane<-c(0,0,0,36,36,36,48,48,48,60,60,60,72,72,72,96,96,96)
fitliste<-rep(0,18)
fitFunc<-function(t,cj,aj){ #t muss be of length 18
counter<-1
while (counter <= 18){
i <- counter %% 3
if (i == 1){
fitliste[counter]<-N_0(t[counter],cj)
}else{
if (i==0) {i<-3
}else{i<-2}
fitliste[counter]<-N_r(t[counter],i,cj,aj)+counter
}
counter<-counter+1
}
fitliste
}
df<- data.frame(givendata=givendata, t=zeitSpane )
nlsLM(givendata~fitFunc(t,cj,aj), data =df, start=list(t=zeitSpane,cj=c_param,aj=a_param))
我现在知道了
colnames<-
中的错误(*tmp*
,值= c(&#34; t&#34;,&#34; cj&#34;,&#34; aj&#34;)):
长度&#39; dimnames&#39; [2]不等于数组范围
另外:警告信息:在矩阵中(out $ hessian,nrow = length(unlist(par))):
数据长度[9]不是行数的子数倍或倍数[24]