Question

我想在rmarkdown运行文件之前尝试在YAML前端运行内联R代码。但它并不适合我。这是一个例子：

---
title: "**Title**"
classoption: xcolor=dvipsnames
output:
  beamer_presentation:
      slide_level: 2
      pandoc_args: [
        "--bibliography", "`r paste('path/to/bib')`"
        ]
---

<!-- slide 1 -->
## Intro ##

会抛出错误：

pandoc-citeproc: could not find `r paste('path/to/bib')`

这是一个简单的例子，但突出了我的主要问题。如何让rmarkdown在YAML前端运行内联R代码？

这些问题也存在类似的问题：

Answer 1

这就是我解决这个问题的方法。我是从RStudio编织的。奇怪的是，我必须使用一个解决方案来处理日期和csl字段，并为参考书目字段使用不同的解决方案。！expr在日期或csl行中没有用（对我而言）。引用的r代码在参考书目系列中没有用（对我来说）。我在一个包（inst / docs文件夹）中有参考书目和csl文件。 rmarkdown文件（不属于该软件包的一部分）使用这些文件。

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title: "Title"
date: '`r format(Sys.time(), "%d %B, %Y")`'
output: html_document
bibliography: !expr system.file("docs", "my.bib", package = "MyPackage")
csl: '`r system.file("docs", "my.csl", package = "MyPackage")`'
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# Introduction

Yada yada [@MyRef04].

# References

my.bib是带有MyRef04的BibTex文件。 csl是样式文件

这种情况下，一个人维护一个包含数据，代码，参考书目等的包。其他可能是包编写者不知道的，从GitHub安装该包并编写或运行使用该包的rmarkdown文件。用户几乎肯定不使用Git或GitHub，我不希望他们在从GitHub安装软件包之后下载任何额外的文件。

更新：发布上述内容之后，我碰巧从GitHub安装了markdown，因为我需要开发版本中的东西。使用GitHub上的rmarkdown版本'1.7.5'，您可以在参考书目行中使用r代码：

---
title: "Title"
date: '`r format(Sys.time(), "%d %B, %Y")`'
output: html_document
bibliography: '`r system.file("docs", "my.bib", package = "MyPackage")`'
csl: '`r system.file("docs", "my.csl", package = "MyPackage")`'
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从GitHub安装rmarkdown

library(devtools)
install_github("rstudio/rmarkdown")

Answer 2

所以我找到了一个关于获得我想要的东西的方法。 Rmarkdown我不认为在YAML中允许R表达式/命令，可能是有充分理由的。我最终做的是将所有输出yaml命令放在一个名为_output.Ryaml的文件中，如下所示：

beamer_presentation:
  slide_level: 2
  includes:
    in_header: "src/preamble.tex"
  pandoc_args: [
    "--bibliography", "`r paste('path/to/bib')`",
    "--variable", "classoption:xcolor=dvipsnames",
    "--variable", "fontsize:9pt"
    ]

然后在主slides.Rmd文件中，类似于：

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title: "**Title**"
author: Luke
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<!-- slide 1 -->
## Intro ##

然后，我可以使用R代码生成幻灯片（我将其放入Makefile中）：

knitr::knit('_output.Ryaml', '_output.yaml')
rmarkdown::render('slides.Rmd')
unlink('_output.yaml')

似乎运作良好。如果有人有更好的想法，请告诉我！

YAML中用于rmarkdown的内联R代码不会运行

2 个答案: