在Ubuntu

Question

我正在尝试在Ubutun上安装FreeSurfer。我在线跟踪安装说明。当我走完这一步时，我有一个问题：

Here is your FreeSurfer license. Place the four lines between theCUT HERE markers in a file named "license.txt" in the directory pointed toby the $FREESURFER_HOME environment variable (see the FreeSurfer documentation).
#---------------CUT HERE--------------- 
xxxxxx

xxxxx

xxxxx

xxxxx
#---------------CUT HERE---------------

这是否意味着我必须将这四行粘贴到名为“license.txt”的文件中？我其实是这样做的。我将四行粘贴在名为“license.txt”的文件的末尾。但是当我完成所有步骤并检查安装时。弹出错误：

ERROR: FreeSurfer license file /home/urser/Downloads/freesurfer/license.txt not found.

但是license.txt确实在那个名为“freesurfer”的折叠中。我误解了指令吗？谢谢！

Answer 1

请按照说明操作：

要求

sudo apt-get install tcsh

下载并安装

cd ~
# this is the 64 bit version
wget ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/pub/dist/freesurfer/5.3.0/freesurfer-Linux-centos6_x86_64-stable-pub-v5.3.0.tar.gz
cd /usr/local/
sudo tar -xzvf ~/freesurfer-*.tar.gz

设置环境

echo "FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer" >> ~/.bashrc
echo 'source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh' >> ~/.bashrc

清理 - ＆gt;这是可选的

rm ~/freesurfer-*.tar.gz

注册您的软件

现在注册https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/registration.html并粘贴通过电子邮件发送给您的许可证代码，请完成此步骤：

sudo gedit /usr/local/freesurfer/license.txt

我不确定下一步是否必不可少，但我通常会运行它。

sudo ln -s /usr/lib/libtiff.so.{4,3}

结论

总而言之，安装Freesurfer并不是那么难，但将其安装在新的Linux系统中肯定比在Windows中使用VirtualMachines更好。他们在其网站上提供的VM不允许在驻留在主机中的文件中运行命令，这最终是运行VM的。

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