如何向Rserve提供新贵服务?

时间:2015-09-09 16:43:55

标签: r rserve

我需要从rserve启动并继续运行R

我的rserve.r文件中有这些行:

library(Rserve)
Rserve()

所以,我正在尝试在我的upstart脚本中执行类似的操作:

description "Rserve service"
author      "Valter Silva"

start on filesystem or runlevel [2345]
stop on shutdown

respawn

script
    echo $$ > /var/run/rserve.pid
    exec /usr/bin/R /home/valter/R/rserve.R >> /home/valter/test2.log
end script


pre-start script
    echo "[`date`] Rserve Starting" >> /var/log/rserve.log
end script

pre-stop script
    rm /var/run/rserve.pid
    echo "[`date`] Rserve Stopping" >> /var/log/rserve.log
end script

我知道该服务因我文件test2.log的输出而运行。但它只运行一次。我该怎么办才能让它继续运行?

2 个答案:

答案 0 :(得分:1)

你(和我)遇到这么多麻烦的原因是我们提出错误的问题。正确的问题是“我们如何从客户端代码启动Rserve?”Java(以及大多数其他)客户端具有StartRserve的功能。

这个问题的答案在这里是针对java库的:How to start Rserve automatically from Java?

或者这里是C#库: https://github.com/SurajGupta/RserveCLI2/blob/master/RServeCLI2.Test/Rservice.cs

另一种方法是学习the best。摇杆项目复制supervisor.conf/etc/supervisor/conf.d/ (见https://github.com/rocker-org/rocker/blob/master/rstudio/Dockerfile#L61

您的supervisor.conf可以添加类似

的内容
[program:Rserve]
command=/usr/bin/Rserve.sh
stdout_logfile=/var/log/supervisor/%(program_name)s.log
stderr_logfile=/var/log/supervisor/%(program_name)s.log
user=myuser
startsecs=0
autorestart=false
exitcodes=0

但...... 我确实搞清楚了。所以这就是答案。我很抱歉它有点笨拙和分布。对我来说,我最大的障碍是将我的开始/停止脚本放在/usr/bin文件夹中(参见下面的讨论)

/etc/init/Rserve.conf

description "Rserve service"
author "Victor I. Wood"
version "0.01"

# based on
# https://stackoverflow.com/questions/32485131/how-to-make-an-upstart-service-to-rserve

env STARTSCRIPT=/usr/bin/Rserve.sh
env STOPSCRIPT=/usr/bin/Rserve.stop
env LOGFILE=/var/log/Rserve.log


start on runlevel [2345]
stop on runlevel [!2345]

console output

respawn

# tell upstart we're creating a daemon
# upstart manages PID creation for you.
expect fork


pre-start script
    echo "[`date`] Rserve Starting" >> $LOGFILE
    echo $$ > /var/run/Rserve.pid
end script

pre-stop script
    rm /var/run/Rserve.pid
    echo "[`date`] Rserve Stopping" >> $LOGFILE
    exec $STOPSCRIPT >> $LOGFILE
end script


script
        # My startup script, plain old shell scripting here.
        exec $STARTSCRIPT >> $LOGFILE
#       echo $$ > /var/run/rserve.pid
end script

/usr/bin/Rserve.sh

#!/bin/sh
sudo --login --set-home --user=myuser bash -c '~/Rserve.sh >~/Rserve.log 2>&1'

/usr/bin/Rserve.stop

#!/bin/sh
pkill -U myuser Rserve

/home/myuser/Rserve.sh

#!/bin/sh

# launch new Rserve process
R CMD Rserve --RS-conf /home/myuser/Rserve.conf --no-save >~/Rserve.log 2>&1

https://askubuntu.com/questions/62812/why-isnt-my-upstart-service-starting-on-system-boot?lq=1

我开始使用脚本 https://askubuntu.com/questions/62729/how-do-i-set-up-a-service?lq=1 并注意到initctl启动可能会对调试有用。

https://askubuntu.com/questions/62812/why-isnt-my-upstart-service-starting-on-system-boot?lq=1  请注意,该脚本必须位于/bin(但我使用/usr/bin),并且必须由root拥有。有些人喜欢在脚本i /bin

的其他地方使用脚本链接

如同How to make an upstart service to Rserve?的人 我建议,我正在使用我在rServe文档中找到的Rserve start命令

R CMD Rserve

虽然我已将我的扩展到

R CMD Rserve --RS-conf /home/myuser/Rserve.conf --no-save >~/Rserve.log 2>&1

我没有输出正确的pid,所以我用pkill来阻止它。

是一种更优雅的方法
RSshutdown(rsc)

How can I shut down Rserve gracefully?

stdout& stderr混淆了暴发户,所以用2>&1重新导出所有输出 How to redirect both stdout and stderr to a file

我发现时有点想通了 https://www.digitalocean.com/community/tutorials/the-upstart-event-system-what-it-is-and-how-to-use-ithttps://geeknme.wordpress.com/2009/10/15/getting-started-with-upstart-in-ubuntu/ http://blog.joshsoftware.com/2012/02/14/upstart-scripts-in-ubuntu/ 但是对于那些只是想要开始的人来说,那些比官方文档更实用的起点。

更新

此解决方案假设Upstart,这是原始问题,但Upstart不再是默认服务管理器。如果您想在16.04之后的系统上执行此操作,请使用

更改回Upstart
sudo apt-get install upstart-sysv
sudo update-initramfs -u
sudo apt-get purge systemd

(来自http://notesofaprogrammer.blogspot.com/2016/09/running-upstart-on-ubuntu-1604-lts.html

答案 1 :(得分:0)

正如Rserve的公共文档所述,您可以从shell脚本启动Rserve守护程序。

只需创建一个执行以下命令的脚本:

echo 'library(Rserve);Rserve(FALSE,args="--no-save --slave --RS-conf <your_own_path>/rserve.conf")'|<R_bin_path>/R --no-save --slave

例如,在我的MacOS计算机中,我可以启动Rserve执行此行:

/bin/sh -c "echo 'library(Rserve);Rserve(FALSE,args=\"--slave\")'|/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/bin/exec/R --no-save --slave"

此命令输出如下内容:

Starting Rserve:
  /Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/R CMD /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/Rserve/libs//Rserve --slave 

Rserv started in daemon mode.

确保指定&#34; - 奴隶&#34;启动Rserve时的参数。

您可以创建一个shell脚本(或Windows脚本),并告诉操作系统在启动过程中执行此脚本。