我正在尝试比较两个fastq文件（配对读取），打印另一个文件的行号n

Question

我正在尝试比较两个fastq读取（配对读取），以便将file1.fastq中模式匹配的位置（考虑行号）与file2.fastq进行比较。我想打印file2.fastq中相同位置或行号的内容。我试图通过awk这样做。防爆。如果我的模式匹配位于file1中的第200行，我想看看文件2中第200行的内容。对此有任何建议。

Answer 1

通常，您需要此表单：

awk '
    { getline line_2 < "file2" }
    /pattern/ { print FNR, line_2 }
' file1

或者，首先将文件粘贴在一起（假设你的shell是bash）

paste -d $'\1' file1 file2 | awk -F $'\1' '$1 ~ /pattern/ {print FNR, $2}'

我正在使用 Ctrl A 作为字段分隔符，假设您的文件中没有出现字符。