Question

我只是围绕着R，并使用limma进行微阵列分析。我已经拿起了我的Control（CC）和实验（EE）数据。

我最终获得了一个具有微阵列强度结果的EList。列是CC-1，CC-2，CC-3和EE-1，EE-2，EE-3，探针名称和系统名称我想添加2列，分别是CC 1-3的平均值和EE 1-3的平均值，但我不确定如何做到这一点。有一种简单的方法吗？

我可以在excel中完成，但我真的想熟悉R并且流利地使用它。

Answer 1

首先，我使用一些伪微阵列信号值创建了一个数据帧：

d = data.frame(abs(matrix(rnorm(30,mean=5),5,6)))
cc = c('CC-1', 'CC-2', 'CC-3')
ee = c('EE-1', 'EE-2', 'EE-3')
colnames(d) = c(cc,ee)
d 
      CC-1     CC-2     CC-3     EE-1     EE-2     EE-3
1 4.775333 4.702609 6.555690 4.853671 5.391154 6.252322
2 2.819228 4.899276 3.021709 4.474202 4.432656 4.576010
3 4.329981 5.689807 4.417229 5.444785 2.603174 3.207310
4 4.657848 4.840904 5.955579 6.359203 5.093865 5.255560
5 5.631977 5.043603 5.777581 3.985867 2.387029 5.115502

然后使用apply运行一个函数，按行（cc参数计算ee列（以及第二个应用行中的1列）的平均值）。 cc和ee均值的向量被指定为data.frame的新列。

d$ccm=apply(d, 1, FUN=function(x) { mean(x[cc]) } )
d$eem=apply(d, 1, FUN=function(x) { mean(x[ee]) } )
d

     CC-1     CC-2     CC-3     EE-1     EE-2     EE-3      ccm      eem
1 4.775333 4.702609 6.555690 4.853671 5.391154 6.252322 5.344544 5.499049
2 2.819228 4.899276 3.021709 4.474202 4.432656 4.576010 3.580071 4.494289
3 4.329981 5.689807 4.417229 5.444785 2.603174 3.207310 4.812339 3.751756
4 4.657848 4.840904 5.955579 6.359203 5.093865 5.255560 5.151444 5.569543
5 5.631977 5.043603 5.777581 3.985867 2.387029 5.115502 5.484387 3.829466

在E列表中添加具有平均值的列

1 个答案: