Question

我做了一个用于运行程序（Velveth）的bash脚本，该程序将目录中的所有Fasta文件（.fa）作为输入，并将结果提供给新目录。

#!/bin/bash
for filename  in /home/lpp/Desktop/test/*.fa; do
    velveth outdirectory 21 -fasta -short "$filename"  
done

我可以循环抛出所有fasta文件，但每次迭代都会将结果重写在同一个文件夹中。我怎样才能为每次迭代重命名输出目录？

我尝试使用与文件相同的名称：

#!/bin/bash
for filename  in /home/lpp/Desktop/test/*.fa; do
    velveth "$filename" 21 -fasta -short "$filename"  
done

但它不起作用。

感谢。

Answer 1

你可以尝试这样的事情：

I=0
for filename in /home/lpp/Desktop/test/*.fa; do
    velveth outdirectory 21 -fasta -short "$filename"  
    mv "folder/result" "folder/result$I"
    I=$I+1
done

它会创建result0 result1等文件，等等

Answer 2

我建议你做的是在使用它作为输出之前创建directoy，也不要创建与文件名称相同的目录。如果您想将输出放在与文件相同的目录中，我建议您这样做：

#!/bin/bash
for filename  in /home/lpp/Desktop/test/*.fa; do
    mkdir ${filename%.*}
    velveth ${filename%.*} 21 -fasta -short "$filename"  
done

${filename%.*}将删除文件的后缀，从而使foo从foo.fa中删除，这样您就不会创建与文件名完全相同的目录...创建目录文件foo的{{1}}。

Answer 3

velveth的第一个参数是输出目录，您提供的两个脚本都是错误的

#!/bin/bash
for filename  in /home/lpp/Desktop/test/*.fa; do
    velveth outdirectory 21 -fasta -short "$filename"  
done

错误：所有

的相同目录

#!/bin/bash
for filename  in /home/lpp/Desktop/test/*.fa; do
    velveth "$filename" 21 -fasta -short "$filename"  
done

错误：目录等于输出文件

如果输出目录不存在，

velveth会创建输出目录，所以如果您根据文件名传递参数，我认为没有问题：

#!/bin/bash
for filename  in /home/lpp/Desktop/test/*.fa; do
    velveth "${filename%.*}" 21 -fasta -short "$filename"  
done

给定输入文件/home/lpp/Desktop/test/test.fa，velveth会将输出文件保存在目录/home/lpp/Desktop/test/test中。

另一个选择可能是只是为了设置输出目录而“添加”某个文件的名称：

#!/bin/bash
for filename  in /home/lpp/Desktop/test/*.fa; do
    velveth "$filename.out" 21 -fasta -short "$filename"  
done

给定输入文件/home/lpp/Desktop/test/test.fa，velveth会将输出文件保存在目录/home/lpp/Desktop/test/test.fa.out中。

Bash脚本：重命名输出目录

3 个答案: