Question

我目前正在使用一个bash文件，该文件必须从我们所在的文件夹中获取，一次两个文件（相同但是一个数字），对它们执行某些操作然后再使用其他两个文件等等。

我想过用for循环来做这件事：

 for file in $folder; do
     sort #this will leave them together
     if $file = "*1*"; then
        take the next one also

这是我能来的最好的，但我确信必须有另一种我没有看到的方式。

由于

编辑：

文件是这样的：

xxxxxxxxxxxxxxxxxx_L1_XXXXXXXXXXXXXXXXXX-39_1.clean.fq.gz
xxxxxxxxxxxxxxxxxx_L1_XXXXXXXXXXXXXXXXXX-39_2.clean.fq.gz
xxxxxxxxxxxxxxxxxx_L2_XXXXXXXXXXXXXXXXXX-39_1.clean.fq.gz
xxxxxxxxxxxxxxxxxx_L2_XXXXXXXXXXXXXXXXXX-39_2.clean.fq.gz
xxxxxxxxxxxxxxxxxx_L3_XXXXXXXXXXXXXXXXXX-39_1.clean.fq.gz
xxxxxxxxxxxxxxxxxx_L3_XXXXXXXXXXXXXXXXXX-39_2.clean.fq.gz

所以我的想法是做一个bash脚本，一次只能获取2个文件（前两个是相同的，但是在干净之前的最后1/2，下一个是相同的等等），对那些做一些事情二，然后采取接下来的两个。

Answer 1

怎么样：

find "$folder" -name '*_1.clean.fq.gz' | while IFS= read -r line ; do
   common_prefix=`printf $line | sed -e 's/_1.clean.fq.gz$//'`
   file1=${common_prefix}_1.clean.fq.gz
   file2=${common_prefix}_2.clean.fq.gz
done

http://mywiki.wooledge.org/BashFAQ/001中解释了IFS= read -r line（正如@chepner所建议的那样）

您可以添加几个test -f来检查file1和file2是否都存在。

Answer 2

请注意，for file in $folder不会迭代给定文件夹中的文件。

例如，如果folder=abc， for循环将进行一次迭代，file等于abc，然后停止。

您必须以适合自己的方式自己提供文件列表，例如 bash ：

for file in $(find $folder -maxdepth 0 -type f); do...

for循环中的几行

2 个答案: