Question

我正在尝试从这里访问htsjdk.jar提供的方法： https://samtools.github.io/htsjdk/

并在此处记录： https://samtools.github.io/htsjdk/javadoc/htsjdk/index.html

使用jython。我需要访问/查询BAM文件索引（BAI文件）的方法来获取二进制BAM文件中的起始位置。测试BAM＆amp; BAI档案可以从以下地址获得： https://github.com/samtools/htsjdk/tree/master/testdata/htsjdk/samtools/BAMFileIndexTest

在放入Jython注册表后的jython 2.7.0中：

python.security.respectJavaAccessibility = false
#I did in the jython comandline:
import sys
sys.path.append("/usr/local/soft/picard_1.138/htsjdk-1.138.jar")
from htsjdk.samtools import *
from java.io import File
#the BAM index file + BAM files 
bai_fh = File("./index_test.bam.bai")
mydict = SAMSequenceDictionary()
bai_foo = DiskBasedBAMFileIndex(bai_fh, mydict)

我可以访问一些方法，比如bai_foo.getNumberOfReferences（）等，但是需要的方法是 getBinsOverlapping（int referenceIndex，int startPos，int endPos）位于BrowseableBAMIndex接口中。

但是，在Jython中对Java类进行子类化时，我迷失了方向。任务是获得对应于给定基因组位置的BAM文件块列表。对于测试BAM / BAI文件，即for chrM 10000-15000（chromosome，start_pos，end_pos）我使用现成的samtools独立程序而不是htsjdk获得11个映射读取：

samtools view index_test.bam  chrM:10000-15000

非常感谢你的帮助

Darek

编辑：重新整理部分 Groovy版本：2.4.4

groovy -cp libs/htsjdk-1.138.jar test_htsjdk.groovy

#!/usr/bin/env groovy

import htsjdk.samtools.*

File bam_fh =  new File("./A.bam")
File bai_fh =  new File("./A.bam.bai")

def mydict = new SAMSequenceDictionary()
def bai_foo = new DiskBasedBAMFileIndex(bai_fh, mydict)
println bai_foo.getNumberOfReferences()

以上代码适用于groovy。我的问题不是这段代码不起作用，而是我不知道从处理BAI文件格式的Java类访问方法的正确方法。我在htsjdk / src / java / htsjdk / samtools / * java文件（来自repo @ github的git clone）中搜索了AbstractBAMFileIndex，但仍然不清楚我需要做什么。

使用来自jython或groovy的htsjdk定义的类

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